BREZOVSKÝ, Jan, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels. In Editors: Bornscheuer, Uwe T., Höhne, Matthias. PROTEIN ENGINEERING. METHODS AND PROTOCOLS. New York: Springer, 2017. s. 25-42. ISBN 978-1-4939-7366-8.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels
Autoři BREZOVSKÝ, Jan (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání New York, PROTEIN ENGINEERING. METHODS AND PROTOCOLS, od s. 25-42, 18 s. 2017.
Nakladatel Springer
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Kapitola resp. kapitoly v odborné knize
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14310/17:00106494
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
ISBN 978-1-4939-7366-8
Klíčová slova anglicky Binding; Protein; Tunnel; Channel; Gate; Rational design; Software; CAVER; Transport
Štítky topvydavatel
Změnil Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 3. 2019 11:21.
Anotace
Protein tunnels connecting the functional buried cavities with bulk solvent and protein channels, enabling the transport through biological membranes, represent the structural features that govern the exchange rates of ligands, ions, and water solvent. Tunnels and channels are present in a vast number of known proteins and provide control over their function. Modification of these structural features by protein engineering frequently provides proteins with improved properties. Here we present a detailed computational protocol employing the CAVER software that is applicable for: (1) the analysis of tunnels and channels in protein structures, and (2) the selection of hot-spot residues in tunnels or channels that can be mutagenized for improved activity, specificity, enantioselectivity, or stability
Návaznosti
LM2015047, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LM2015051, projekt VaVNázev: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX RI)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumná infrastruktura RECETOX
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 07:21