LEXA, Matej, Radovan LAPÁR, Pavel JEDLIČKA, Ivan VANÁT, Michal ČERVEŇANSKÝ a Eduard KEJNOVSKÝ. TE-nester: a recursive software tool for structure-based discovery of nested transposable elements. In Zheng Huiru. Proceedings 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). Neuveden: IEEE, 2018. s. 2776-2778, 3 s. ISBN 978-1-5386-5488-0. doi:10.1109/BIBM.2018.8621071.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název TE-nester: a recursive software tool for structure-based discovery of nested transposable elements
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Radovan LAPÁR (703 Slovensko, domácí), Pavel JEDLIČKA (203 Česko), Ivan VANÁT (703 Slovensko, domácí), Michal ČERVEŇANSKÝ (703 Slovensko) a Eduard KEJNOVSKÝ (203 Česko).
Vydání Neuveden, Proceedings 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), od s. 2776-2778, 3 s. 2018.
Nakladatel IEEE
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/18:00107385
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-5386-5488-0
ISSN 2156-1125
Doi http://dx.doi.org/10.1109/BIBM.2018.8621071
UT WoS 000458654000484
Klíčová slova anglicky bioinformatics; software; LTR-retrotransposons; sequence analysis; genome evolution
Štítky bioinformatics, software, transposable elements
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 3. 5. 2019 12:59.
Anotace
ukaryotic genomes are generally rich in repetitive sequences. LTR retrotransposons are the most abundant class of repetitive sequences in plant genomes. They form segments of genomic sequences that accumulate via individual events and bursts of retrotransposition. A limited number of tools exist that can identify fragments of repetitive sequences that likely originate from a longer, originally unfragmented element, using mostly sequence similarity to guide reconstruction of fragmented sequences. Here, we use a slightly different approach based on structural (as opposed to sequence similarity) detection of unfragmented full-length elements, which are then recursively eliminated from the analyzed sequence to repeatedly uncover unfragmented copies hidden underneath more recent insertions. This approach has the potential to detect relatively old and highly fragmented copies. We created a software tool for this kind of analysis called TE-nester and applied it to a number of assembled plant genomes to discover pairs of nested LTR retrotransposons of various age and fragmentation state. TEnester will allow us to test hypotheses about genome evolution, TE life cycle and insertion history. The software, still under improvement, is available for download from a repository at https://gitlab.fi.muni.cz/lexa/nested.
Návaznosti
GA18-00258S, projekt VaVNázev: Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů (Akronym: TRANSPOSONY_DRG)
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
VytisknoutZobrazeno: 12. 7. 2020 15:46