AlphaFind — discover structure similarity across the proteome
in AlphaFold DB

a 2024

AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

Autoři

Vydání

Elixir All-Hands 2024, 2024

Další údaje

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

DOI

http://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1

Klíčová slova anglicky

protein structure; similarity search; AlphaFold; learned metric index

Štítky

AlphaFind, learned indexing, LMI, protein structure, similarity search

Příznaky

Mezinárodní význam

Změněno: 20. 10. 2024 09:20, Mgr. David Procházka

Anotace

V originále

AlphaFind is a web-based search engine that allows for structure-based search of the entire AFDB. Uniprot ID, PDB ID, or Gene Symbol is accepted as input – AlphaFind will return the most similar proteins found within AlphaFold DB, with an option to perform additional search to extend and refine the results. The search results are grouped by their source organism and displayed along with their TM-Score and RMSD measures (relative to the query protein). If the result proteins are experimentally found, we provide all associated PDB IDs. The 3D visualizations of the structural overlap of the proteins are provided using NGL Viewer, and the additional filters at the top of the results table can be used to find specific organisms or Uniprot IDs.

Návaznosti

GF23-07040K, projekt VaV

Název: Naučené indexy pro podobností hledání

Investor: Grantová agentura ČR, Naučené indexy pro podobností hledání, Lead agentura

LM2023055, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data

MUNI/A/1590/2023, interní kód MU

Název: Využití technik umělé inteligence pro zpracování dat, komplexní analýzy a vizualizaci rozsáhlých dat

Investor: Masarykova univerzita, Využití technik umělé inteligence pro zpracování dat, komplexní analýzy a vizualizaci rozsáhlých dat

752/2024, interní kód MU

Název: Nástroj na automatickou anotaci a prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur

Investor: CESNET, Nástroj na automatickou anotaci a prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur

90254, velká výzkumná infrastruktura

Název: e-INFRA CZ II

Citovat

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

@proceedings{2441940,
   author = {Slanináková, Terézia and Procházka, David and Oľha, Jaroslav and Rošinec, Adrián and Grešová, Katarína and Čillík, Jakub and Jánošová, Miriama and Porubská, Jana and Svobodová, Radka and Dohnal, Vlastislav and Antol, Matej},
   booktitle = {Elixir All-Hands 2024},
   doi = {http://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1},
   keywords = {protein structure; similarity search; AlphaFold; learned metric index},
   title = {AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB},
   url = {https://doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1},
   year = {2024}
}

TY  - CONF
ID  - 2441940
AU  - Slanináková, Terézia - Procházka, David - Oľha, Jaroslav - Rošinec, Adrián - Grešová, Katarína - Čillík, Jakub - Jánošová, Miriama - Porubská, Jana - Svobodová, Radka - Dohnal, Vlastislav - Antol, Matej
PY  - 2024
TI  - AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
KW  - protein structure
KW  - similarity search
KW  - AlphaFold
KW  - learned metric index
UR  - https://doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1
N2  - AlphaFind is a web-based search engine that allows for structure-based search of the entire AFDB. Uniprot ID, PDB ID, or Gene Symbol is accepted as input – AlphaFind will return the most similar proteins found within AlphaFold DB, with an option to perform additional search to extend and refine the results. The search results are grouped by their source organism and displayed along with their TM-Score and RMSD measures (relative to the query protein). If the result proteins are experimentally found, we provide all associated PDB IDs. The 3D visualizations of the structural overlap of the proteins are provided using NGL Viewer, and the additional filters at the top of the results table can be used to find specific organisms or Uniprot IDs.
ER  -

SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In \textit{Elixir All-Hands 2024}. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.

Podrobný výpis o publikaci