Diagnostic efficacy and clinical utility of whole-exome sequencing in Czech pediatric patients with rare and undiagnosed diseases

SLABÁ, Kateřina; Petra POKORNÁ; Robin JUGAS; Hana PÁLOVÁ; Dagmar PROCHÁZKOVÁ; Štefánia AULICKÁ; Klára ŠPANĚLOVÁ; Pavlína DANHOFER; Ondřej HORÁK; Jana TUČKOVÁ; Petra KLEIBLOVÁ; Renata GAILLYOVÁ; Matěj HRUNKA; Martin JOUZA; Blanka PINKOVÁ; Jan PAPEŽ; Petra KONEČNÁ; Jana ZÍDKOVÁ; Petr ŠTOURAČ; Jaroslav ŠTĚRBA; Regina DEMLOVÁ; Eva DEMLOVÁ; Petr JABANDŽIEV a Ondřej SLABÝ. Diagnostic efficacy and clinical utility of whole-exome sequencing in Czech pediatric patients with rare and undiagnosed diseases. SCIENTIFIC REPORTS. BERLIN: NATURE PORTFOLIO, 2024, roč. 14, č. 1, s. 1-11. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41598-024-79872-4.

Základní údaje

Originální název

Diagnostic efficacy and clinical utility of whole-exome sequencing in Czech pediatric patients with rare and undiagnosed diseases

Název česky

Diagnostická účinnost a klinické využití celoexomového sekvenování u českých dětských pacientů s vzácnými a nediagnostikovanými nemocemi

Autoři

SLABÁ, Kateřina; Petra POKORNÁ ORCID; Robin JUGAS; Hana PÁLOVÁ; Dagmar PROCHÁZKOVÁ; Štefánia AULICKÁ; Klára ŠPANĚLOVÁ; Pavlína DANHOFER; Ondřej HORÁK; Jana TUČKOVÁ; Petra KLEIBLOVÁ; Renata GAILLYOVÁ; Matěj HRUNKA ORCID; Martin JOUZA; Blanka PINKOVÁ; Jan PAPEŽ; Petra KONEČNÁ; Jana ZÍDKOVÁ ORCID; Petr ŠTOURAČ; Jaroslav ŠTĚRBA; Regina DEMLOVÁ; Eva DEMLOVÁ; Petr JABANDŽIEV a Ondřej SLABÝ

Vydání

SCIENTIFIC REPORTS, BERLIN, NATURE PORTFOLIO, 2024, 2045-2322

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

30209 Paediatrics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 3.900

Kód RIV

RIV/00216224:14110/24:00138140

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

DOI

https://doi.org/10.1038/s41598-024-79872-4

UT WoS

001378401000001

EID Scopus

2-s2.0-85209720650

Klíčová slova česky

vzacna onemocneni; pacienti bez diagnozy; celoexomove sekvenovani

Klíčová slova anglicky

rare genetic diseases; undiagnosed patients; whole-exome sequencing

Štítky

14110212, 14110317, 14110320, 14110321, 14110322, 14110323, 14110513, 14110516, 14110528, CF BIOIT, CF GEN, podil, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

In the last decade, undiagnosed disease programs have emerged to address the significant number of individuals with suspected but undiagnosed rare genetic diseases. In our single-center study, we have launched a pilot program for pediatric patients with undiagnosed diseases in the second-largest university hospital in the Czech Republic. This study was prospectively conducted at the Department of Pediatrics at University Hospital Brno between 2020 and 2023. A total of 58 Czech patients with undiagnosed diseases were enrolled in the study. All children underwent singleton WES with targeted phenotype-driven analysis. We identified 28 variants, including 11 pathogenic, 13 likely pathogenic, and 4 VUS according to ACMG guidelines, as diagnostic of genetic diseases in 25 patients, resulting in an overall diagnostic yield of 43%. Eleven variants were novel and had not been previously reported in any public database. The overall clinical utility (actionability) enabling at least one type of change in the medical care.

Česky

V posledním desetiletí se objevily programy k detekci nediagnostikovaných onemocnění, které se zaměřují na značný počet jedinců s podezřením na nediagnostikované vzácné genetické onemocnění. V naší jednocentrové studii jsme spustili pilotní program pro dětské pacienty s nediagnostikovaným onemocněním v druhé největší fakultní nemocnici v České republice. Projekt probíhal na Pediatrické klinice FN Brno v letech 2020-2023. VVe studii bylo vyšetřeno 58 probandů s klinickými příznaky, ale bez definitivní diagnozy. U všech byl proveden singleton WES s cílenou analýzou genotyp-fenotyp. Identifikovali jsme 28 variant, 11 patogenních, 13 pravděpodobně patogenních a 4 varianty typu VUS podle ACMG doporučení. Vyšetření potvrdilo na molekulárně-genetické úrovni diagnozu u 25 pacientů, diagnostická účinnost činila 43%. V 11 případech se jednalo o dosud nepopsané varianty, které nebyly dosud popsány v veřejných databázích. Potvrzení diagnozy vedlo ke změně přístupu k poskytované zdravotní péči.

---

Návaznosti

LM2023067, projekt VaV	Název: Národní centrum lékařské genomiky Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, NCLG: Národní centrum lékařské genomiky
MUNI/A/1591/2023, interní kód MU	Název: Využití celoexomového/celogenomového sekvenování pro hledání genetických příčin vzácných nemocí u dětských pacientů bez diagnózy Investor: Masarykova univerzita, Využití celoexomového/celogenomového sekvenování pro hledání genetických příčin vzácných nemocí u dětských pacientů bez diagnózy
MUNI/A/1625/2023, interní kód MU	Název: Personalizovaná léčba v dětské onkologii: na cestě k „liquid dynamic medicine“ a „N-of-1 clinical trials“ Investor: Masarykova univerzita, Personalizovaná léčba v dětské onkologii: na cestě k „liquid dynamic medicine“ a „N-of-1 clinical trials“
101059788, interní kód MU	Název: Central European Advanced Therapy and Immunotherapy Centre Investor: Evropská unie, Central European Advanced Therapy and Immunotherapy Centre, Rozšiřování účasti a posílení ERA
90249, velká výzkumná infrastruktura	Název: CZECRIN IV