Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets

RÉBLOVÁ, Kamila; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Judit ŠPONER; Jaroslav KOČA a Jiři ŠPONER. Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2003, roč. 31, č. 23, s. 6942-6952. ISSN 0006-3465.

Základní údaje

Originální název

Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets

Autoři

RÉBLOVÁ, Kamila ORCID; Naděžda ŠPAČKOVÁ; Judit ŠPONER; Jaroslav KOČA a Jiři ŠPONER

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2003, 0006-3465

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/03:00009301

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

RNA; kissing loop motifs; molecular dynamics; cation-binding pockets

Štítky

cation-binding pockets, kissing loop motifs, molecular dynamics, RNA

---

Anotace

V originále

Loop-loop interactions between RNA hairpins represent an important class of RNA-RNA recognition motifs. These `kissing-loop' complexes participate in antisense regulation of a variety of cellular processes in prokaryotic cells and in bacteriophages. To under-stand the function of kissing complexes, we have carried out molecular dynamics simulations on two types of RNA kissing structures.

---

Návaznosti

LN00A016, projekt VaV

Název: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum