Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR

NĚMCOVÁ, Petra, Alena ŠPANOVÁ, Bohuslav RITTICH a Daniel HORÁK. Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR. In X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita. s. 105-105. ISBN 80-210-3942-6. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Optimalizace izolace bakteriální DNA amplifikovatelné v PCR
• Název anglicky: Optimization of the method of PCR-ready DNA izolation
• Autoři: NĚMCOVÁ, Petra (203 Česká republika), Alena ŠPANOVÁ (203 Česká republika), Bohuslav RITTICH (203 Česká republika, garant) a Daniel HORÁK (203 Česká republika).
• Vydání: Brno, X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů, od s. 105-105, 1 s. 2006.
• Nakladatel: Masarykova univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/06:00015625
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 80-210-3942-6
• Klíčová slova anglicky: DNA; magnetic particles; Lactobacillus; PCR
• Štítky: DNA, Lactobacillus, magnetic particles, PCR

Anotace

Byl optimalizován postup izolace bakteriální DNA pomocí magnetických částic P(HEMA-co-GMA) (1/1) pokrytých karboxylovými skupinami (0,764 mM COOH/g ). Jako kontrola byly použity magnetické částice silikagelu (CPG, USA). Adsorpce DNA probíhala v prostředí vysoké koncentrace PEG 6000 a NaCl. K testování byla použita DNA izolovaná z bakterií rodu Lactobacillus narostlých v čisté kultuře. Při eluci DNA z částic bylo ověřováno použití různých pufrů (voda, TE, TBE a TAE pufr), doby eluce a způsobů promíchávání částic. Nejvhodnější postup byl použit při izolaci DNA z bakterií rodu Lactobacillus obsažených v mléčných výrobcích. Bakterie rodu Lactobacillus byly identifikovány pomocí PCR s rodově specifickými primery LbLMA 1-rev a R16-1 (Dubernet a spol., 2002). Druh Lactobacillus acidophilus byl identifikován pomocí PCR s druhově specifickými primery Aci I a Aci II (Tilsala a kol., 1997).

Anotace anglicky

The procedure was optimalised for the solid-phase bacterial DNA isolation using magnetic particles P(HEMA-co-EDMA) (1/1)covered by carboxyl groups (0,764 mM COOH/g). Magnetic silica particles (CPG, USA) were used as control. DNA adsorption was carried out in high PEG and NaCl concentrations. DNA isolated from pure cultures of bacteria of genus Lactobacillus was used. DNA elution was tested using different buffers (TE, TBE, TAE, water) and time durations including different intensity of sample mixing. The most suitable procedure was used for DNA isolation from bacteria of genus Lactobacillus in dairy products. Bacteria of genus Lactobacillus were identified using PCR with genus specific primers LbLMA 1-rev and R16-1 (Duberbet et al., 2002). The species Lactobacillus acidophilus was identified using PCR with species specific primers AciI and AciII (Tilsala et al. 1997).

Návaznosti

• GA203/05/2256, projekt VaV: Název: Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství

Investor: Grantová agentura ČR, Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• 1G57037, projekt VaV: Název: Aplikace molekulárně biologických metod pro efektivní využití genetických zdrojů BMK a pro charakterizaci kvality funkčních potravin.

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Aplikace molekulárně biologických metod pro efektivní využití genetických zdrojů BMK a pro charakterizaci kvality funkčních potravin