2006
Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka a Jaroslav KOČAZákladní údaje
Originální název
Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
Název česky
Implementace, optimalizace a paralelizace metod EEM a ABEEM
Autoři
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant)
Vydání
J Comput Chem, 2006, 0192-8651
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10403 Physical chemistry
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 4.893
Kód RIV
RIV/00216224:14310/06:00015735
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000234932000015
Klíčová slova anglicky
charge distribution; electronegativity equalization method; atom-bond electronegativity equalization method; optimization; parallelization; parallel virtual machine
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 14. 2. 2007 15:18, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
V originále
The most common way to calculate charge distribution in a molecule is ab inifio quantum mechanics (QM). Some faster alternatives to QM have also been developed, the so-called "equalization methods" EEM and ABEEM, which are based on DFT. We have implemented and optimized the EEM and ABEEM methods and created the EEM SOLVER and ABEEM SOLVER programs. It has been found that the most time-consuming part of equalization methods is the reduction of the matrix belonging to the equation system generated by the method. Therefore, for both methods this part was replaced by the parallel algorithm WIRS and implemented within the PVM environment. The parallelized versions of the programs EEM SOLVER and ABEEM SOLVER showed promising results, especially on a single computer with several processors (compact PVM).
Česky
Nejčastěji používanými metodami pro výpočet náboje atomů v rámci molekuly jsou ab-initio kvantově mechanické metody. V nedávné době byly vyvinuty rychlejší metody pro výpočet náboje - eqalizační metody EEM (electronegativity equalization method) a ABEEM (atom-bond electronegativity equalization method), které jsou založeny na DFT. V této práci byly metody EEM a ABEEM implementovány a optimalizovány, přičemž byly vytvořeny programy EEM SOLVER a ABEEM SOLVER. Tyto programy byly otestovány a bylo ověřeno, že jejich výsledky dosahují požadované přesnosti a že jsou výrazně rychlejší než ab-initio metody. Bylo zjištěno, že nejvíce časově náročnou částí equalizačních metod je redukce matice soustavy rovnic, vygenerované při výpočtu. Z tohoto důvodu byla uvedená část algoritmu nahrazena paralelním algoritmem a implementována pomocí PVM (parallel virtual machine). Paralelní verze programů EEM SOLVER a ABEEM SOLVER vykazují výrazné zefektivnění, speciálně při použití víceprocesorového počítače.
Návaznosti
| GD204/03/H016, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|