SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka a Jaroslav KOČA. Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method. J Comput Chem. 2006, roč. 27, č. 3, s. 396-405. ISSN 0192-8651.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
Název česky Implementace, optimalizace a paralelizace metod EEM a ABEEM
Autoři SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, garant).
Vydání J Comput Chem, 2006, 0192-8651.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10403 Physical chemistry
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 4.893
Kód RIV RIV/00216224:14310/06:00015735
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000234932000015
Klíčová slova anglicky charge distribution; electronegativity equalization method; atom-bond electronegativity equalization method; optimization; parallelization; parallel virtual machine
Štítky atom-bond electronegativity equalization method, charge distribution, electronegativity equalization method, Optimization, parallel virtual machine, Parallelization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 14. 2. 2007 15:18.
Anotace
The most common way to calculate charge distribution in a molecule is ab inifio quantum mechanics (QM). Some faster alternatives to QM have also been developed, the so-called "equalization methods" EEM and ABEEM, which are based on DFT. We have implemented and optimized the EEM and ABEEM methods and created the EEM SOLVER and ABEEM SOLVER programs. It has been found that the most time-consuming part of equalization methods is the reduction of the matrix belonging to the equation system generated by the method. Therefore, for both methods this part was replaced by the parallel algorithm WIRS and implemented within the PVM environment. The parallelized versions of the programs EEM SOLVER and ABEEM SOLVER showed promising results, especially on a single computer with several processors (compact PVM).
Anotace česky
Nejčastěji používanými metodami pro výpočet náboje atomů v rámci molekuly jsou ab-initio kvantově mechanické metody. V nedávné době byly vyvinuty rychlejší metody pro výpočet náboje - eqalizační metody EEM (electronegativity equalization method) a ABEEM (atom-bond electronegativity equalization method), které jsou založeny na DFT. V této práci byly metody EEM a ABEEM implementovány a optimalizovány, přičemž byly vytvořeny programy EEM SOLVER a ABEEM SOLVER. Tyto programy byly otestovány a bylo ověřeno, že jejich výsledky dosahují požadované přesnosti a že jsou výrazně rychlejší než ab-initio metody. Bylo zjištěno, že nejvíce časově náročnou částí equalizačních metod je redukce matice soustavy rovnic, vygenerované při výpočtu. Z tohoto důvodu byla uvedená část algoritmu nahrazena paralelním algoritmem a implementována pomocí PVM (parallel virtual machine). Paralelní verze programů EEM SOLVER a ABEEM SOLVER vykazují výrazné zefektivnění, speciálně při použití víceprocesorového počítače.
Návaznosti
GD204/03/H016, projekt VaVNázev: Strukturní biofyzika makromolekul
Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní biofyzika makromolekul
MSM0021622413, záměrNázev: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
VytisknoutZobrazeno: 22. 9. 2024 02:44