Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.

MATĚJKOVÁ, Petra, Michal STROUHAL a David ŠMAJS. Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema. In Tomáškovy dny 2006 sborník abstraktů. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.
• Název anglicky: Comparative Genome Sequencing in the genus Treponema.
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Tomáškovy dny 2006 sborník abstraktů. 2006.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/06:00016078
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Comparative Genome Sequencing; genus Treponema.
• Štítky: comparative genome sequencing, genus Treponema.

Anotace

Treponema pallidum subsp. pallidum je obligátní lidský patogen a způsobuje onemocnění syfilis. Rod Treponema zahrnuje ještě další blízce příbuzné patogenní zástupce. Tyto druhy a poddruhy se liší mírou patogenity a invazivity pro člověka a nelze je morfologicky ani serologicky navzájem odlišit. Pro získání kompletní sekvence jednotlivých kmenů jsou zjištěné sekvenční změny kombinovány s výsledky WGF experimentů, zejména pro odhalení inzerovaných sekvencí do vyšetřovaného genomu. Metodou CGS jsme provedli srovnání kmenů SS14, Samoan D a Cuniculi A s kmenem Nichols. V genomu T. pallidum subsp. pallidum SS14 bylo v sekvenační fázi identifikováno 231 SNP. Klasické sekvenaci bylo podrobeno 20 úseků genomu. Celkem bylo nalezeno 320 SNP, 11 delecí a 15 inzercí (o délce 1-1255 bp). V genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoan D bylo nalezeno 904 SNP. V genomu T. paraluiscuniculi Cuniculi A bylo identifikováno 5933 SNP.

Anotace anglicky

Treponema pallidum ssp. pallidum is an exclusive human pathogen and the causative agent of syphilis. Genus Treponema encompasses several closely related species/subspecies in which the levels of pathogenicity and invasivity to humans vary to a wide extent. Moreover, these organisms can not be differentiated morphologically or serologically. To obtain complete genome sequence of examined strains CGS found changes were combined with WGF results. We performed comparison of SS14, Samoan D and Cuniculi A strains to Nichols strain. Mapping phase of T. pallidum ssp. pallidum SS14 genome showed 20 hypervariable regions not suitable for further hybridization analysis. Resequencing array revealed 231 SNPs. We found altogether 320 SNPs, 11 deletions and 15 insertions (1-1255 bp in lenght). In T. pallidum ssp. pertenue Samoan D genome, 904 SNPs were identified. In T. paraluiscuniculi Cuniculi A genome 5933 SNPs were discovered.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů