Využití profilů genové exprese primárních kolorektálních karcinomů k predikci jejich progrese a metastatického fenotypu

SLABÝ, Ondřej, Ingrid GARAJOVÁ, Marek SVOBODA, Pavel FABIAN, Miroslav SVOBODA, Josef SROVNAL and Rostislav VYZULA. Využití profilů genové exprese primárních kolorektálních karcinomů k predikci jejich progrese a metastatického fenotypu (Usage of low-density oligonucleotide microarrays for prognosis prediction of colorectal cancer patients.). In II. Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie. 2006th ed. Olomouc: Solen, 2006, p. 46-47. ISBN 80-239-8240-0.

Basic information

• Original name: Využití profilů genové exprese primárních kolorektálních karcinomů k predikci jejich progrese a metastatického fenotypu
• Name in Czech: Využití profilů genové exprese primárních kolorektálních karcinomů k predikci jejich progrese a metastatického fenotypu
• Name (in English): Usage of low-density oligonucleotide microarrays for prognosis prediction of colorectal cancer patients.
• Authors: SLABÝ, Ondřej, Ingrid GARAJOVÁ, Marek SVOBODA, Pavel FABIAN, Miroslav SVOBODA, Josef SROVNAL and Rostislav VYZULA.
• Edition: 2006. vyd. Olomouc, II. Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie, p. 46-47, 2 pp. 2006.
• Publisher: Solen

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 30200 3.2 Clinical medicine
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• Organization unit: Faculty of Medicine
• ISBN: 80-239-8240-0
• Keywords in English: colorectal cancer; DNA microarray technology; gene expression; pathogenesis; prognosis; prediction
• Tags: Colorectal cancer, DNA microarray technology, GENE EXPRESSION, pathogenesis, Prediction, prognosis
• Tags: Reviewed

Abstract

Kolorektální karcinom je jedním z nejčastěji se vyskytujících nádorových onemocnění. Naneštěstí významná část pacientů v klinických stadiích II a III umírá do pěti let po radikálním chirurgickém zákroku následkem progrese onemocnění. Racionální přistup k indikaci adjuvantní léčby pro tyto pacienty nabízí molekulární charakterizace jejich rizikové podskupiny napříč oběma klinickými stadii pomocí profilů genové exprese. Do studie byly zařazeny bioptické vzorky dvanácti pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem (KRK) v klinickém stadiu II a III tvořené minimálně ze 70% maligními buňkami. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců (medián 43), šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců (medián 13). Pomocí nízkohustotních oligonukleotidových makročipů společnosti SuperArray určených k relativní kvantifikaci 128 genů potenciálně zapojených do procesu metastazování byly identifikovány profily genové exprese primárních KRK všech 12 pacientů. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (alfa = 0,01) a metody SAM (d = 1,5) jsme identifikovali 10 genů (9 up-regulovaných, 1 down-regulovaný) s minimálně dvojnásobným rozdílem v expresi v primárních nádorech skupiny pacientů se špatnou prognózou. Z hlediska biologické funkce jsou mezi up-regulovanými geny zastoupeny především onkogeny (MYC, MYB, KRAS, SRC) dále hepatální růstový faktor HGF, transkripční faktor ETV4, regulátor buněčného cyklu PTEN a molekuly extracelulární matrix a buněčné adheze (CD82, HPSE). Sníženou expresi vykazoval ve skupině pacientů se špatnou prognózou pouze antiangiogenní inhibitor metaloproteinázy 2 (TIMP2). Naše výsledky potvrzují předchozí pozorování a jsou v souladu biologickou podstatou nádorové invazivity a metastázování. Alterace v expresi genů pro hepatální růstový faktor HGF a transkripční faktor ETV4 byly u kolorektálního karcinomu s nepříznivou prognózou identifikovány poprvé. Po rozšíření zkoumaného souboru pacientů a ověření výsledků metodou qRT-PCR případně imunohistochemicky na proteinové úrovni by nalezená sada genů mohla být jedním z kroků vedoucích směrem k individualizaci terapie pacientů s lokoregionálně pokročilým kolorektálním karcinomem.

Abstract (in English)

Colorectal cancer (CRC) is one of the most common malignancies. Unfortunately a significant proportion of surgically cured patiens in the early stage of the disease develop progression and die from the disease. Twelve patients who had histologically confirmed left-sided colon adenocarcinoma were included. Only stage II-III patients according to IUCC with no prior chemotherapy or radiotherapy were eligible for the study. Six patients were poor prognosis cases width disease free survival (DFS) lower then 36 month and six were good prognosis cases with DFS>36 month. Relative gene expression levels of 128 genes potentially involved in cancer progression and dissemination were obtained by low-density oligonucleotide microarrays (SuperArray Bioscience Corp., Bethesda, MD) from 12 primary colon cancer samples. Gene expression data analysis based on the SAM and t-test methods identified 10 genes with significantly different expression in primary tumors of patients with poor prognosis. Our preliminary data suggest that oligonucleotide microarray technology should contribute to a better understanding of the progression of colorectal cancer, and facilitate prediction of their metastatic potential. Analyzing of gene expression data from larger group of CRC patients will enable us to identify distinct prognostic subsets of patients based on molecular characteristics in the near future.

Links

• NR9076, research and development project: Name: Genomické profilování v predikci odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem konečníku