LEXA, Matej, Tomáš MARTÍNEK, Patrik BECK, Otto FUČÍK, Giorgio VALLE a Ivano ZARA. Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching. In Proceedings 21st European Conference on Modelling and Simulation. Praha: ECMS, 2007. s. 333-338, 6 s. ISBN 978-0-9553018-2-7.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching
Název česky Simulace genomové PCR s hardwarově urychlovaným přibližným vyhledáváním sekvencí
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česko), Patrik BECK (703 Slovensko), Otto FUČÍK (203 Česko), Giorgio VALLE (380 Itálie) a Ivano ZARA (380 Itálie).
Vydání Praha, Proceedings 21st European Conference on Modelling and Simulation, od s. 333-338, 6 s. 2007.
Nakladatel ECMS
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele Česko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/07:00041408
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-0-9553018-2-7
UT WoS 000252306400053
Klíčová slova anglicky Virtual PCR; FPGA; sequence alignment; mathematical model
Štítky FPGA, mathematical model, sequence alignment, Virtual PCR
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 27. 4. 2011 09:54.
Anotace
We report the latest details on improvements made or planned for the VPCR simulation software currently accessible on the Internet. We describe the inner workings of the dynamic amplification simulation model, concentrating mostly on the time- and sensitivity-critical step of sequence matching. Replacement of BLAST by the more sensitive and faster PRMEX similarity search program resulted in a marked improvement of PCR product predictions. Further speed improvements were acheived using hardware acceleration of approximate sequence matching.
Anotace česky
Publikace popisuje vylepšení programu pro simulaci PCR na genomových templátech s využitím programu PRIMEX a programovatelného hardwaru na báze FPGA čipů.
Návaznosti
MSM0021622419, záměrNázev: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
VytisknoutZobrazeno: 12. 7. 2020 15:17