2007
Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching
LEXA, Matej, Tomáš MARTÍNEK, Patrik BECK, Otto FUČÍK, Giorgio VALLE et. al.Základní údaje
Originální název
Genomic PCR simulation with hardware-accelerated approximate sequence matching
Název česky
Simulace genomové PCR s hardwarově urychlovaným přibližným vyhledáváním sekvencí
Autoři
LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česká republika), Patrik BECK (703 Slovensko), Otto FUČÍK (203 Česká republika), Giorgio VALLE (380 Itálie) a Ivano ZARA (380 Itálie)
Vydání
Praha, Proceedings 21st European Conference on Modelling and Simulation, od s. 333-338, 6 s. 2007
Nakladatel
ECMS
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14330/07:00041408
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-0-9553018-2-7
UT WoS
000252306400053
Klíčová slova anglicky
Virtual PCR; FPGA; sequence alignment; mathematical model
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 27. 4. 2011 09:54, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
V originále
We report the latest details on improvements made or planned for the VPCR simulation software currently accessible on the Internet. We describe the inner workings of the dynamic amplification simulation model, concentrating mostly on the time- and sensitivity-critical step of sequence matching. Replacement of BLAST by the more sensitive and faster PRMEX similarity search program resulted in a marked improvement of PCR product predictions. Further speed improvements were acheived using hardware acceleration of approximate sequence matching.
Česky
Publikace popisuje vylepšení programu pro simulaci PCR na genomových templátech s využitím programu PRIMEX a programovatelného hardwaru na báze FPGA čipů.
Návaznosti
| MSM0021622419, záměr |
|