ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL a David ŠMAJS. Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace. In Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007. 2007.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Název česky Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Název anglicky Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing
Autoři ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
Vydání Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007, 2007.
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Konferenční abstrakt
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14110/07:00019063
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing
Štítky comparative genome sequencing, pyrosequencing, Treponema pallidum
Změnil Změnila: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Změněno: 7. 4. 2010 16:36.
Anotace
Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.
Anotace anglicky
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaVNázev: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
MSM0021622415, záměrNázev: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
NR8967, projekt VaVNázev: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
VytisknoutZobrazeno: 25. 2. 2020 16:27