a 2007

Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

ZOBANÍKOVÁ, Marie; Petra MATĚJKOVÁ; Michal STROUHAL a David ŠMAJS

Základní údaje

Originální název

Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

Název česky

Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

Název anglicky

Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing

Autoři

Vydání

Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007, 2007

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14110/07:00019063

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova anglicky

Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing

Štítky

Změněno: 7. 4. 2010 16:36, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.

Anglicky

Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů