MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS a Vladana WOZNICOVÁ. Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů. In 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. Liberec: Československá společnost mikrobiologická, 2007. s. 149-149, 1 s. ISSN 0009-0646.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
Název česky Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
Název anglicky Pilot screening of variable genome sites of Treponema pallidum: type strains and clinical specimens
Autoři MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS a Vladana WOZNICOVÁ.
Vydání Liberec, 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. od s. 149-149, 1 s. 2007.
Nakladatel Československá společnost mikrobiologická
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka Lékařská fakulta
ISSN 0009-0646
Klíčová slova anglicky Treponema pallidum; type strains; clinical specimens
Štítky clinical specimens, Treponema pallidum, type strains
Změnil Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 6. 2. 2008 13:06.
Anotace
Na základě mapování heterologních úseků v rámci druhu T. pallidum s využitím metody komparativní genomové sekvenace (CGS) byly nalezeny hypervariabilní úseky v genomu Treponema pallidum. Jednalo se o hypotetické geny TP0136 a TP0548. Byly porovnány sekvence těchto genů u 4 skupin typových kmenů T. pallidum: poddruhu pallidum (6 kmenů způsobujících syfilis), pertenue (6 kmenů způsobujících yaws) a endemicum (1 kmen způsobující endemickou syfilis) a u 1 blíže nespecifikovaného opičího izolátu. Dále jsme měli k dispozici 9 PCR pozitivních klinických vzorků od syfilitiků. PCR pozitivita byla stanovena dvoukrokovou PCR detekcí dvou T. pallidum specifických lokusů (tmpC, polA). Srovnání sekvencí genů TP0136 a TP0548 získaných Sangerovou metodou bylo vyjádřeno ve formě fylogenetického stromu a byla provedena analýza změn proteinových sekvencí. 4 skupiny typových kmenů tvoří u obou lokusů diskrétní sekvenční shluky, přičemž poddruh pallidum se dělí na dvě skupiny kmenů - Nichols a jemu podobné kmeny a SS14 a jemu podobné kmeny, přičemž všechny vyšetřené klinické vzorky patří do druhé skupiny. U 4 klinických vzorků došlo k záchytu materiálu sekvenčně unikátního, tedy odlišného od typových kmenů. Pokud bylo získáno více vzorků od téhož pacienta, výsledné sekvence pro testované lokusy se shodovaly. Na základě získaných výsledků lze vybrané lokusy genomu považovat za slibnou metodu pro charakterizaci klinických izolátů.
Anotace anglicky
Pilot screening of variable genome sites of Treponema pallidum were presented. Type strains and clinical specimens were tested and data discussed.
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaVNázev: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
MSM0021622415, záměrNázev: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
NR8967, projekt VaVNázev: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
VytisknoutZobrazeno: 17. 2. 2020 02:04