2007
Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
MATĚJKOVÁ, Petra; David ŠMAJS a Vladana WOZNICOVÁZákladní údaje
Originální název
Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
Název česky
Pilotní screening hypervariabilních lokusů v genomu Treponema pallidum u typových kmenů a klinických izolátů
Název anglicky
Pilot screening of variable genome sites of Treponema pallidum: type strains and clinical specimens
Autoři
Vydání
Liberec, 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. od s. 149-149, 1 s. 2007
Nakladatel
Československá společnost mikrobiologická
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ne
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
ISSN
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum; type strains; clinical specimens
Změněno: 6. 2. 2008 13:06, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Na základě mapování heterologních úseků v rámci druhu T. pallidum s využitím metody komparativní genomové sekvenace (CGS) byly nalezeny hypervariabilní úseky v genomu Treponema pallidum. Jednalo se o hypotetické geny TP0136 a TP0548. Byly porovnány sekvence těchto genů u 4 skupin typových kmenů T. pallidum: poddruhu pallidum (6 kmenů způsobujících syfilis), pertenue (6 kmenů způsobujících yaws) a endemicum (1 kmen způsobující endemickou syfilis) a u 1 blíže nespecifikovaného opičího izolátu. Dále jsme měli k dispozici 9 PCR pozitivních klinických vzorků od syfilitiků. PCR pozitivita byla stanovena dvoukrokovou PCR detekcí dvou T. pallidum specifických lokusů (tmpC, polA). Srovnání sekvencí genů TP0136 a TP0548 získaných Sangerovou metodou bylo vyjádřeno ve formě fylogenetického stromu a byla provedena analýza změn proteinových sekvencí. 4 skupiny typových kmenů tvoří u obou lokusů diskrétní sekvenční shluky, přičemž poddruh pallidum se dělí na dvě skupiny kmenů - Nichols a jemu podobné kmeny a SS14 a jemu podobné kmeny, přičemž všechny vyšetřené klinické vzorky patří do druhé skupiny. U 4 klinických vzorků došlo k záchytu materiálu sekvenčně unikátního, tedy odlišného od typových kmenů. Pokud bylo získáno více vzorků od téhož pacienta, výsledné sekvence pro testované lokusy se shodovaly. Na základě získaných výsledků lze vybrané lokusy genomu považovat za slibnou metodu pro charakterizaci klinických izolátů.
Anglicky
Pilot screening of variable genome sites of Treponema pallidum were presented. Type strains and clinical specimens were tested and data discussed.
Návaznosti
| GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|