TRANTÍREK, Lukáš, Erik CAHA, Pavel KADEŘÁVEK a Radovan FIALA. NMR 13C-relaxation Study of Base and Sugar Dynamics in GCAA RNA Hairpin Tetraloop. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. GUILDERLAND: Adenine Press, roč. 25, č. 3, s. 307-326, 19 s. ISSN 0739-1102. 2007.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název NMR 13C-relaxation Study of Base and Sugar Dynamics in GCAA RNA Hairpin Tetraloop
Název česky Studium dynamiky bazí a cukrů v RNA smyčce GCAA pomocí NMR relaxace C-13
Autoři TRANTÍREK, Lukáš (203 Česká republika), Erik CAHA (203 Česká republika), Pavel KADEŘÁVEK (203 Česká republika) a Radovan FIALA (203 Česká republika, garant).
Vydání Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, GUILDERLAND, Adenine Press, 2007, 0739-1102.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 1.413
Kód RIV RIV/00216224:14310/07:00020606
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000250986500004
Klíčová slova anglicky RNA; nucleic acid; dynamics; internal motion; NMR; C-13
Štítky C-13, dynamics, internal motion, NMR, nucleic acid, RNA
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc., učo 564. Změněno: 21. 11. 2007 11:05.
Anotace
Intramolecular dynamics of a 14-mer RNA hairpin including GCAA tetraloop was investigated by 13C NMR relaxation. R1 and R1rho relaxation rates were measured for all protonated base carbons as well as for C1' carbons of ribose sugars at several magnetic field strengths. The data has been interpreted in the framework of modelfree analysis (G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4546-4559 (1982); G. Lipari and A. Szabo, J. Am. Chem. Soc. 104, 4559-4570 (1982)) characterizing the internal dynamics of the molecule by order parameters and correlation times for fast motions on picosecond to nanosecond time scale and by contributions of the chemical exchange. The fast dynamics reveals a rather rigid stem and a significantly more flexible loop. The cytosine and the last adenine bases in the loop as well as all the loop sugars exhibit a significant contribution of conformational equilibrium on microsecond to millisecond time scale. The high R1rho values detected on both base and sugar moieties of the loop indicate coordinated motions in this region. A semiquantitative analysis of the conformational equilibrium suggests the exchange rates on the order of 10000/s. The results are in general agreement with dynamics studies of GAAA loops by NMR relaxation and fluorescent spectroscopy and support the data on the GCAA loop dynamics obtained by MD simulations.
Anotace česky
Práce popisuje výsledky studia intramolekulární dynamiky RNA vlásenky sestávající ze 14 nukleotidů a obsahující smyčku GCAA pomocí NMR relaxace jader C-13.
Návaznosti
GA203/99/0311, projekt VaVNázev: Studium dynamiky oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie
Investor: Grantová agentura ČR, Studium dynamiky oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie
LC06030, projekt VaVNázev: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 23:11