2009
Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases
FOŘTOVÁ, Andrea, J. SÝKORA, Agniezska OLZYNSKA, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.Základní údaje
Originální název
Nanosecond Time-Dependent Stokes Shift at the Tunnel Mouth of Haloalkane Dehalogenases
Název česky
Nanosekundová časová závislost spektrálního posunu v tunelu haloalkán dehalogenáz
Autoři
FOŘTOVÁ, Andrea (203 Česká republika, domácí), J. SÝKORA (203 Česká republika), Agniezska OLZYNSKA (616 Polsko), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí) a Martin HOF (203 Česká republika)
Vydání
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2009, 0002-7863
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 8.580
Kód RIV
RIV/00216224:14310/09:00033990
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000262521800036
Klíčová slova česky
haloalkán dehalogenázy, DBjA, DhaA
Klíčová slova anglicky
tunnel mouths; haloalkane dehalogenases; DbjA-H280F and DhaA-H272F;
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 23. 3. 2012 11:05, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
V originále
The tunnel mouths are evolutionally the most variable regions in the structures of haloalkane dehalogenases originating from different bacterial species suggesting their importance for adaptation of enzymes to various substrates. We decided to monitor the dynamics of this particular region by means of time resolved fluorescence spectroscopy and molecular dynamic simulations. To label the enzyme specifically, we adapted a novel procedure that utilizes a coumarin dye containing a halide-hydrocarbon linker, which serves as a substrate for enzymatic reaction. The procedure leads to a coumarin dye covalently attached and specifically located in the tunnel mouth of the enzyme. In this manner, we stained two haloalkane dehalogenase mutants, DbjA-H280F and DhaA-H272F. The measurements of time-resolved fluorescence anisotropy, acrylamide quenching and time resolved emission spectra reveal differences in the polarity, accessibility and mobility of the dye and its microenvironment for both of the mutants. The obtained experimental data are consistent with the results obtained by molecular dynamics calculations and correlate with the anatomy of the tunnel mouths, which were proposed to have a strong impact on the catalytic activity and specificity of the examined mutants. Interestingly, the kinetics of the recorded time-dependent Stokes shift is unusual slow; it occurs on the nanosecond time-scale, suggesting that the protein dynamics is extremely slowed down at the region involved in the exchange of ligands between the active site cavity and bulk solvent.
Česky
Článek popisuje studium dynamiky vod v proteinech s využitím fluoresecnční spektroskopie a molekulové dynamiky.
Návaznosti
| LC06010, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622412, záměr |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|