Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins

VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. Journal of Biomedical Science. BioMed website: BioMed Central, London, England, 2009, roč. 16, č. 59, s. 1-14. ISSN 1021-7770.

Základní údaje

Originální název

Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins

Název česky

Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů

Autoři

VAŘECHA, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí), Michal ZIMMERMANN (203 Česká republika, domácí), Jana AMRICHOVÁ (203 Česká republika), Vladimír ULMAN (203 Česká republika, domácí), Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Journal of Biomedical Science, BioMed website, BioMed Central, London, England, 2009, 1021-7770

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 2.007

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00029126

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

UT WoS

000268893400002

Klíčová slova anglicky

AIF;apoptosis-inducing factor;AMID;AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death;endonuclease G;heat shock protein;DNA topoisomerase II;CPS-6;CED-3 protease suppressor;WAH-1

Štítky

AIF, AIFM1, AIFM2, AMID, apoptosis-inducing factor, CBIA, cbia-web, CED-3 protease suppressor, colocalization, CPS-6, DNA topoisomerase II, endoG, endonuclease G, heat shock protein, HSP70-1, Image analysis, interaction, localization, molecular docking, PDCD8, Prediction, PRG3, protein structure modelling, WAH-1, worm AIF homolog

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

We found the AMID protein to be cytoplasmic, most probably incorporated into the cytoplasmic side of the membranes of various organelles. The highest concentration of AMID was observed associated with the Golgi. We did not observe its translocation into the nucleus during apoptosis. The proposed role of AMID in apoptosis was thus not observed. Bioinformatic predictions were conducted to analyze the interactions of the studied proteins with each other and with other possible partners. We conducted molecular modelling of proteins with unknown 3D structure: endonuclease G, CPS-6, WAH-1, and HSP70-1. These models were then refined by MolProbity server and employed in molecular docking simulations of interactions. Our results present new data about the structure, localization, functions and interactions of proteins AMID, AIF, endonuclease G, and other proteins.

Česky

Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů

---

Návaznosti

GP204/05/P090, projekt VaV	Název: Topografická a funkční charakteristika telomer v různých typech nádorových buněk stanovená in situ a in vivo Investor: Grantová agentura ČR, Topografická a funkční charakteristika telomer v různých typech nádorových buněk stanovená in situ a in vivo
LC535, projekt VaV	Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr	Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV	Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů