Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

POTĚŠIL, David, Ludmila ROČŇOVÁ, Soňa ČEJKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Zbyněk ZDRÁHAL a Jan HAVLIŠ. Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE. 2009.

Základní údaje

• Originální název: Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE
• Název česky: Objev biomarkeru - Detekce minimálních změn v proteinových koncentracích s využitím ICPL proteinového značení a 2D GE
• Autoři: POTĚŠIL, David (203 Česká republika, garant), Ludmila ROČŇOVÁ (203 Česká republika), Soňa ČEJKOVÁ (203 Česká republika), Martin TRBUŠEK (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Jan HAVLIŠ (203 Česká republika).
• Vydání: 2009.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Audiovizuální tvorba
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Rakousko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00035066
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: Biomarkers;MS/MS;Liquid Chromatography;Two Dimensional Gel Electrophoresis;Proteomics;Quantitative Analysis;ICPL labeling
• Štítky: biomarkers, ICPL labeling, liquid chromatography, MS/MS, proteomics, Quantitative Analysis, Two Dimensional Gel Electrophoresis
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

Determination of low quantitative changes in protein expression is still a challenging task due to variability in both, biological sample preparation and analytical procedure. At first we did 2D GE experiments were we tested variability in protein spots introduced during the cell lysis. The percentage of qualitatively and quantitatively different spots was about 0.5 % and 2.5 %, respectively. To determine the protein concentration differences bewteen two samples we utilized protein labeling by ICPL. It was found to be precise (RSD approx. 5 %). Moreover the results obtained by different approaches are comparable.

Anotace česky

Stanovení nízkých kvantitativních změn v proteinové expresy je stále nesnadný úkol. Důvodem je mimo jiné variabilita vnesená při přípravě vzorku. Byly provedeny 2D GE experimenty, kde byla testována variabilita v proteinových spotech vnesená v průběhu buněčné lyze. Procenta kvalitativně a kvantitativně rozdílných spotů byla okolo 0,5 % a 2,5 %. Ke stanovení poměru koncentrací proteinů ve dvou vzorcích bylo použito ICPL značení. Bylo zjištěno, že jde o přesnou metodu (RSD přibližně 5 %) a výsledky získané po různém zpracováním vzorku jsou porovnatelné.

Návaznosti

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR9301, projekt VaV: Název: Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů