Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D
Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites
Based on the HMAX Transform

D 2010

Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform

MATULA, Petr; Fatima VERISSIMO; Stefan WÖRZ; Roland EILS; Rainer PEPPERKOK et al.

Základní údaje

Originální název

Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform

Autoři

MATULA, Petr; Fatima VERISSIMO; Stefan WÖRZ; Roland EILS; Rainer PEPPERKOK a Karl ROHR

Vydání

Neuveden, Proceedings of SPIE Medical Imaging, 7 s. 2010

Nakladatel

Neuveden

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14330/10:00042889

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-0-8194-8027-9

UT WoS

000284752800047

Klíčová slova anglicky

Fluorescence microscopy; spot detection; HMAX transform; endoplasmic reticulum exit sites

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 14. 1. 2011 15:37, doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.

Anotace

V originále

We present an approach for the quantification of fluorescent spots in time series of 3-D confocal microscopy images of endoplasmic reticulum exit sites of dividing cells. Fluorescent spots are detected based on extracted image regions of highest response using the HMAX transform and prior convolution of the 3-D images with a Gaussian kernel. The sensitivity of the involved parameters was studied and a quantitative evaluation using both 3-D synthetic and 3-D real data was performed. The approach was successfully applied to more than one thousand 3-D confocal microscopy images.

Návaznosti

MSM0021622419, záměr

Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

2B06052, projekt VaV

Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů

Citovat

MATULA, Petr; Fatima VERISSIMO; Stefan WÖRZ; Roland EILS; Rainer PEPPERKOK a Karl ROHR. Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform. In Proceedings of SPIE Medical Imaging. Neuveden: Neuveden, 2010, 7 s. ISBN 978-0-8194-8027-9.

@inproceedings{855563,
   author = {Matula, Petr and Verissimo, Fatima and Wörz, Stefan and Eils, Roland and Pepperkok, Rainer and Rohr, Karl},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Proceedings of SPIE Medical Imaging},
   keywords = {Fluorescence microscopy; spot detection; HMAX transform; endoplasmic reticulum exit sites},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-0-8194-8027-9},
   note = {Vol. 7626},
   publisher = {Neuveden},
   title = {Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform},
   url = {http://spie.org/x648.html?product_id=844441},
   year = {2010}
}

TY  - CONF
ID  - 855563
AU  - Matula, Petr - Verissimo, Fatima - Wörz, Stefan - Eils, Roland - Pepperkok, Rainer - Rohr, Karl
PY  - 2010
TI  - Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform
PB  - Neuveden
CY  - Neuveden
SN  - 9780819480279
N1  - Vol. 7626
KW  - Fluorescence microscopy
KW  - spot detection
KW  - HMAX transform
KW  - endoplasmic reticulum exit sites
UR  - http://spie.org/x648.html?product_id=844441
N2  - We present an approach for the quantification of fluorescent spots in time series of 3-D confocal microscopy images of endoplasmic reticulum exit sites of dividing cells. Fluorescent spots are detected based on extracted image regions of highest response using the HMAX transform and prior convolution of the 3-D images with a Gaussian kernel. The sensitivity of the involved parameters was studied and a quantitative evaluation using both 3-D synthetic and 3-D real data was performed. The approach was successfully applied to more than one thousand 3-D confocal microscopy images.
ER  -

MATULA, Petr; Fatima VERISSIMO; Stefan WÖRZ; Roland EILS; Rainer PEPPERKOK a Karl ROHR. Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform. In \textit{Proceedings of SPIE Medical Imaging}. Neuveden: Neuveden, 2010, 7 s. ISBN~978-0-8194-8027-9.

Přehled o publikaci