MOTÁČKOVÁ, Veronika, Hana ŠANDEROVÁ, Lukáš ŽÍDEK, Jiří NOVÁČEK, Petr PADRTA, Alžběta ŠVENKOVÁ, Jana KORELUSOVÁ, Jiří JONÁK, Libor KRÁSNÝ a Vladimír SKLENÁŘ. Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. USA: John Wiley and Sons, roč. 78, č. 7, s. 1807-1810. ISSN 0887-3585. 2010.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs
Název česky Struktura N-terminální domény delta podjednotky RNA polymerasy z Bacilla subtila a její klasifikace na základě strukturních homologů
Autoři MOTÁČKOVÁ, Veronika (203 Česká republika, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, garant, domácí), Jiří NOVÁČEK (203 Česká republika, domácí), Petr PADRTA (203 Česká republika, domácí), Alžběta ŠVENKOVÁ (203 Česká republika), Jana KORELUSOVÁ (203 Česká republika), Jiří JONÁK (203 Česká republika), Libor KRÁSNÝ (203 Česká republika) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, domácí).
Vydání Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, USA, John Wiley and Sons, 2010, 0887-3585.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 2.813
Kód RIV RIV/00216224:14310/10:00043931
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000277302300018
Klíčová slova anglicky RNA polymerase; delta subunit; gram positive bacteria; nuclear magnetic resonance; structural homologues
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D., učo 106467. Změněno: 2. 2. 2012 17:31.
Anotace
RNA polymerase is an essential multisubunit enzyme responsible for transcription of genetic information from DNA into RNA. The RNA polymerase from Bacillus subtilis differs from its analogue from gram-negative bacteria in a presence of two additional subunits, omega1 and delta. Their role in the transcription machinery is still not clear. In this study, we focused on the N-terminal part of delta subunit to reveal its structure. The sample was prepared using a standard protocol of overexpression in the E.coli system to produce a 15N,13C-uniformly labeled sample. A standard set of spectra was measured on a 600MHz spectrometer. The distance restrains were extracted and assigned from NOESY spectra. The additional RDC restraints and anisotropic contributions to the 13C chemical shifts were used in the final refinement. The quality of the calculated structures were checked. The determined structure was identified based on structure homology with some proteins from the Forkhead DNA-binding domain SCOP family.
Anotace česky
RNA polymerase is an essential multisubunit enzyme responsible for transcription of genetic information from DNA into RNA. The RNA polymerase from Bacillus subtilis differs from its analogue from gram-negative bacteria in a presence of two additional subunits, omega1 and delta. Their role in the transcription machinery is still not clear. In this study, we focused on the N-terminal part of delta subunit to reveal its structure. The sample was prepared using a standard protocol of overexpression in the E.coli system to produce a 15N,13C-uniformly labeled sample. A standard set of spectra was measured on a 600MHz spectrometer. The distance restrains were extracted and assigned from NOESY spectra. The additional RDC restraints and anisotropic contributions to the 13C chemical shifts were used in the final refinement. The quality of the calculated structures were checked. The determined structure was identified based on structure homology with some proteins from the Forkhead DNA-binding domain SCOP family.
Návaznosti
GA204/09/0583, projekt VaVNázev: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA)
Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií
LC06030, projekt VaVNázev: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměrNázev: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
VytisknoutZobrazeno: 29. 3. 2024 02:52