Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Igor ALEKSANDROWICZ a Jiří SOCHOR. Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels. In IADIS Press. The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011. Neuveden: IADIS Press, 2011, s. 99-106. ISBN 978-972-8939-48-9.

Základní údaje

Originální název

Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels

Název česky

Počítání a vizualizace povrchu proteinů a jejich tunelů

Autoři

KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí), Igor ALEKSANDROWICZ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Neuveden, The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011, od s. 99-106, 8 s. 2011

Nakladatel

IADIS Press

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Itálie

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/11:00049922

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-972-8939-48-9

Klíčová slova česky

povrch; protein; tunel; vizualizace

Klíčová slova anglicky

surface; protein; channel; visualization

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

In this paper we are introducing our approach to the computation of molecular surface. This challenge occupies the researchers for many years because of its complexity and many solutions have been proposed. Our algorithm comes from the generally known reduced surface algorithm but in our case we innovate this approach using various simplifications and improvements, especially when dealing with various problems. This is done with respect to the demands to utilize our algorithm not only for the computation of molecular surfaces but also for the surface detection of so called channels inside proteins. Our approach is namely used as a part of the complex CAVER Viewer application designed specially for the localization, visualization and further exploration of channels in protein molecules.

Česky

V tomto článku představujeme náš přístup k výpočtu povrchu molekul. Výzkumníci se tímto složitým problémem zabývají již mnoho let a během této doby bylo navrženo mnoho možných řešení. Náš algoritmus vychází z obecně známého přístupu zvaného redukované povrchy, avšak naše řešení zavádí četná vylepšení a zjednodušení, zejména ve fázích, kdy je třeba řešit problémy vznikající při generování redukovaných povrchů. Vše je navrženo s ohledem na skutečnost, že nově implementovaný algoritmus by měl sloužit nejen na zobrazení molekulárních povrchů, ale rovněž pro generování povrchu takzvaných tunelů, což jsou specifické struktury nacházející se uvnitř proteinů. Výsledný algoritmus se rovněž stal součástí komplexní aplikace CAVER Viewer, která byla navržena zejména pro možnost detekce, vizualizace a následného prozkoumání spočtených tunelů.

---

Návaznosti

GAP202/10/1435, projekt VaV	Název: Analýza a vizualizace proteinových struktur Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
LC06010, projekt VaV	Název: Centrum biokatalýzy a biotransformací Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
MUNI/A/0057/2011, interní kód MU	Název: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKONF) Investor: Masarykova univerzita, Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty