Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in
LiveCell Fluorescence Microscopy Images

D 2011

Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images

MATULA, Petr; Tautvydas LISAUSKAS; Vytaute STARKUVIENE a Karl ROHR

Základní údaje

Originální název

Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images

Autoři

MATULA, Petr; Tautvydas LISAUSKAS; Vytaute STARKUVIENE a Karl ROHR

Vydání

Neuveden, Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology, 4 s. 2011

Nakladatel

Neuveden

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

Fluorescence microscopy; quantification of subcellular localization patterns; tophat transform; Golgi assembly and disassembly; compact and diffuse phenotypes

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 17. 4. 2012 14:27, doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D.

Anotace

V originále

We present an image analysis approach for quantifying assembly and disassembly of the Golgi complex in fluorescence microscopy images of live cells. The approach comprises nucleus detection, nucleus tracking, and quantification of Golgi complex localization patterns for single cell nuclei over time. In particular, we define and compare five different measures for quantifying changes in compact and diffuse phenotypes. We propose two measures based on mathematical morphology which take into account shape, size, and contrast of image structures. From the experimental results it turned out that these measures have a higher discrimination power to distinguish compact and diffuse phenotypes than a previous frequently used measure.

Návaznosti

MSM0021622419, záměr

Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

2B06052, projekt VaV

Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů

Citovat

MATULA, Petr; Tautvydas LISAUSKAS; Vytaute STARKUVIENE a Karl ROHR. Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images. In Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology. Neuveden: Neuveden, 2011, 4 s.

@inproceedings{959993,
   author = {Matula, Petr and Lisauskas, Tautvydas and Starkuviene, Vytaute and Rohr, Karl},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology},
   keywords = {Fluorescence microscopy; quantification of subcellular localization patterns; tophat transform; Golgi assembly and disassembly; compact and diffuse phenotypes},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   publisher = {Neuveden},
   title = {Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images},
   url = {http://www.miaab.org/miaab-2011-heidelberg-papers/miaab-2011-h-matula.pdf},
   year = {2011}
}

TY  - CONF
ID  - 959993
AU  - Matula, Petr - Lisauskas, Tautvydas - Starkuviene, Vytaute - Rohr, Karl
PY  - 2011
TI  - Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images
PB  - Neuveden
CY  - Neuveden
KW  - Fluorescence microscopy
KW  - quantification of subcellular localization patterns
KW  - tophat transform
KW  - Golgi assembly and disassembly
KW  - compact and diffuse phenotypes
UR  - http://www.miaab.org/miaab-2011-heidelberg-papers/miaab-2011-h-matula.pdf
L2  - http://www.miaab.org/miaab-2011-heidelberg-papers/miaab-2011-h-matula.pdf
N2  - We present an image analysis approach for quantifying assembly and disassembly of the Golgi complex in fluorescence microscopy images of live cells. The approach comprises nucleus detection, nucleus tracking, and quantification of Golgi complex localization patterns for single cell nuclei over time. In particular, we define and compare five different measures for quantifying changes in compact and diffuse phenotypes. We propose two measures based on mathematical morphology which take into account shape, size, and contrast of image structures. From the experimental results it turned out that these measures have a higher discrimination power to distinguish compact and diffuse phenotypes than a previous frequently used measure.
ER  -

MATULA, Petr; Tautvydas LISAUSKAS; Vytaute STARKUVIENE a Karl ROHR. Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images. In \textit{Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology}. Neuveden: Neuveden, 2011, 4 s.

Přehled o publikaci