Výpis publikací

LAPČÍK, Petr, Klára SYNKOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, David POTĚŠIL, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. A hybrid DDA/DIA-PASEF based assay library for a deep proteotyping of triple-negative breast cancer. Scientific Data. Nature Portfolio, 2024, roč. 11, č. 1, s. 794-800. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41597-024-03632-2.

ŘÍHOVÁ, Kamila, Petr LAPČÍK, Barbora VESELÁ, Lucia KNOPFOVÁ, David POTĚŠIL, Jana POKLUDOVÁ, Jan ŠMARDA, Eva MATALOVÁ, Pavel BOUCHAL a Petr BENEŠ. Caspase-9 Is a Positive Regulator of Osteoblastic Cell Migration Identified by diaPASEF Proteomics. Journal of Proteome Research. American Chemical Society, 2024, roč. 23, č. 8, s. 2999–3011. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jproteome.3c00641.

LAPČÍK, Petr, R. Greg STACEY, David POTĚŠIL, Petr KULHÁNEK, Leonard J. FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global interactome mapping reveals pro-tumorigenic interactions of NF-κB in breast cancer. Molecular and Cellular Proteomics. Elsevier, 2024, roč. 23, č. 4, s. 1-20. ISSN 1535-9484. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mcpro.2024.100744.

ŘÍHOVÁ, Kamila, Lucia KNOPFOVÁ, Jana POKLUDOVÁ, Petr LAPČÍK, Barbora VESELÁ, Pavel BOUCHAL, Eva MATALOVÁ a Petr BENEŠ. Caspase-9 as a regulator of cell migration: Proteomic and functional analysis. In EACR Congress: Innovative Cancer Science. 2023. ISSN 1574-7891.

JANÁČOVÁ, Lucia, Michaela ŠTENCKOVÁ, Petr LAPČÍK, Šárka HRACHOVINOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, David POTĚŠIL, Roman HRSTKA, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Catechol-O-methyl transferase suppresses cell invasion and interplays with MET signaling in estrogen dependent breast cancer. Scientific Reports. Nature Research, 2023, roč. 13, č. 1, s. 1-14. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-023-28078-1.

LAPČÍK, Petr, Petr ŠULC, Lucia JANÁČOVÁ, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Desmocollin-1 is associated with pro-metastatic phenotype of luminal A breast cancer cells and is modulated by parthenolide. Cellular & Molecular Biology Letters. BMC, 2023, roč. 28, č. 1, s. 1-25. ISSN 1425-8153. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s11658-023-00481-6.

LAPČÍK, Petr, Barbora VESELÁ, David POTĚŠIL, Kateřina DADÁKOVÁ, Martina ZAPLETALOVÁ, Petr BENEŠ, Pavel BOUCHAL a Eva MATALOVÁ. DiaPASEF proteotype analysis indicates changes in cell growth and metabolic switch induced by caspase-9 inhibition in chondrogenic cells. Proteomics. Wiley, 2023, roč. 23, č. 11, s. 1-14. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pmic.202200408.

LAPČÍK, Petr. Gene set enrichment analysis (GSEA) and Cytoscape. In Proteomics data interpretation workshop, Praha 8.6.2023. 2023.

LAPČÍK, Petr, Greg R. STACEY, David POTĚŠIL, Leonard J. FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global Interactome Mapping Reveals Pro-tumorigenic Interactions of NF-κB in Breast Cancer. In In Book of Abstracts of 22nd Human Proteome Organization World Congress, Busan, Korea 17.9.-21.9.2023, PP01.50. 2023.

LAPČÍK, Petr, Klára SYNKOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, David POTĚŠIL, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Library-based vs. library-free: a comprehensive DDA/diaPASEF hybrid assay library from triple-negative breast tumors for quantitative DIA data extraction in Spectronaut and DIA-NN. In In Book of Abstracts of 9th Informal Proteomic Meeting, Mělník 30.11.-1.12.2023, M05. 2023.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Jan ŠIMONÍK, Petr LAPČÍK, Lucia JANÁČOVÁ, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Alice HLOBILKOVÁ, Vlad POPOVICI, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Next generation proteomics identifies a potential protein marker of poor response to tyrosine kinase inhibitors in metastatic renal cell carcinoma. In Abstract Book of EACR Conference: Cellular Bases for Patient Response to Cancer Therapies, Lyon, Francie 14.-16.11.2023, P12. 2023.

HRACHOVINOVÁ, Šárka, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Kateřina JURÁSKOVÁ, Vojtěch BYSTRÝ, Boris TICHÝ, Rudolf NENUTIL, Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy. In Abstract Book of Doctoral conference 2023, Brno, CZ, 1.6.2023. 2023.

ŠIMONÍK, Jan, Richard ŠTEFANÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Vlad POPOVICI, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of localized and metastatic renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In Abstract Book of BSRP - EuPA Annual Scientific Meeting, Newcastle upon Tyne, UK, 17.-20.7.2023. 2023.

ŠIMONÍK, Jan, Pavla BOUCHALOVÁ, Richard ŠTEFANÍK, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Vlad POPOVICI, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of metastatic and localized renal cell carcinomas for prognosis and therapy response. In Abstract Book of XVIII. Czech Annual Cancer Research Meeting, Olomouc, CZ, 20.-22.11.2023. 2023. ISBN 978-80-908348-2-8.

ŠIMONÍK, Jan, Richard ŠTEFANÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In Doctoral conference 2023, MUNI, Department of Biochemistry. 2023.

BOUCHAL, Pavel, Jan ŠIMONÍK, Richard ŠTEFANÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH a Ondřej FIALA. Proteotypová klasifikace renálního karcinomu. In Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81. 2023.

ŠIMONÍK, Jan, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Lucia JANÁČOVÁ, Alice HLOBILKOVÁ, Vlad POPOVICI, Alexandr POPRACH, Milan HORA, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Transmembrane glycoprotein GPNMB is a potential marker of poor response of metastatic renal cell carcinoma to tyrosine kinase receptor inhibitor treatment. In 9th Informal Proteomic Meeting November 30 – December 1, Mělník, Masaryk Cultural House. 2023.

LAPČÍK, Petr, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. A large-scale assay library for targeted protein quantification in renal cell carcinoma tissues. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH GmbH, 2022, roč. 22, č. 7, s. "e2100228", 7 s. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pmic.202100228.

ŠIMONÍK, Jan, Petr LAPČÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. DIA-MS identifies proteins associated with a poor response of metastatic renal cell carcinoma to tyrosine kinase inhibitor treatment. In In Book of Abstracts of 14th European Summer School, Brixen, Italy 31.7.-6.8. 2022, p.46. 2022.

LAPČÍK, Petr, Greg STACEY, David POTĚŠIL, Leonard FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global SEC-PCP-SILAC mapping reveals protein complexes mediating NF-κB activation in breast cancer. In In Book of Abstracts of 16th Central- and Eastern European Proteomic Conference, Praha 29.9.-1.10.2022, ThO-02. 2022.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Lucia SOMMEROVÁ, David POTĚŠIL, Andrea MARTIŠOVÁ, Petr LAPČÍK, Veronika BRYCHTOVÁ, Alexander SCHERL, Petr VOŇKA, Joan PLANAS IGLESIAS, Eric CHEVET, Pavel BOUCHAL a Roman HRSTKA. Characterization of the AGR2 Interactome Uncovers New Players of Protein Disulfide Isomerase Network in Cancer Cells. Molecular & Cellular Proteomics. American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2022, roč. 21, č. 2, s. 1-19. ISSN 1535-9484. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mcpro.2021.100188.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Jan ŠIMONÍK, David POTĚŠIL, Petr LAPČÍK, Ján PODHOREC, Lucia JANÁČOVÁ, Milan HORA, Alice HLOBILKOVÁ, Alexandr POPRACH, Vlad POPOVICI, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteiny odpovědné za špatnou terapeutickou odpověď metastatických nádorů ledvin na léčbu tyrosinkinasovými inhibitory. In Sborník abstrakt, přednášek a posterů, XXV. Biologické dny, Brno 5.- 6.9.2022, p. 40. 2022. ISSN 1805-9619.

ŠIMONÍK, Jan, Richard ŠTEFANÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In In Book of Abstracts of 16the Central- and Eastern European Proteomic Conference, Praha 29.9.-1.10.2022, FrO-16. 2022.

LAPČÍK, Petr, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. A large-scale assay library for targeted protein quantification in renal cell carcinoma tissues. In 20th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Reconnect 2021, Online, 15.11.-19.11.2021, in Book of Abstracts, p. 184. 2021.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Jindřich BERÁNEK, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Ondřej FIALA, Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. DIA-MS Identifies and Validates Transgelin as Protein Contributing to a Poor Response of Metastatic Renal Cell Carcinoma to Sunitinib Treatment. In HUPO Reconnect 2021. 2021.

LAPČÍK, Petr, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro. In 7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24. 2021.

LAPČÍK, Petr, Pavla BOUCHALOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Milan HORA, Alexandr POPRACH, Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotypová analýza renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi. In 7. Neformální proteomické setkání, 25.-26.11.2021, Hradec Králové, In Book of Abstracts, p. 24. 2021.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Jindřich BERÁNEK, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. Transgelin Contributes to a Poor Response of Metastatic Renal Cell Carcinoma to Sunitinib Treatment. Biomedicines. Basel: MDPI, 2021, roč. 9, č. 9, s. 1145-1163. ISSN 2227-9059. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biomedicines9091145.

JANÁČOVÁ, Lucia, Jakub FAKTOR, Petr LAPČÍK, Lenka ČÁPKOVÁ, Anna POSPÍŠILOVÁ a Pavel BOUCHAL. Tumor suppressor role of catechol O-methyl transferase in estrogen receptor positive breast cancer through inhibition of cell invasion via MET signaling. In XXVI. Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section, 29.8.-1.9.2021, in Book of Abstracts, p. 43. 2021. 2021. ISBN 978-80-907779-1-0.

LAPČÍK, Petr, Petr ŠULC, Jakub FAKTOR, Lucia JANÁČOVÁ, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Desmocollin-1 plays a role in breast cancer cell migration, invasion and metastasis and is modulated by parthenolide. In 19th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Connect 2020, Online, 19..10-22.10.2020, in Book of Abstracts, p. 56. 2020.

LAPČÍK, Petr, Anna POSPÍŠILOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, Peter GRELL, Pavel FABIAN a Pavel BOUCHAL. How Different Are the Molecular Mechanisms of Nodal and Distant Metastasis in Luminal A Breast Cancer? Cancers. Basel: MDPI, 2020, roč. 12, č. 9, s. 1-26. ISSN 2072-6694. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cancers12092638.

JANÁČOVÁ, Lucia, Petr LAPČÍK, Anna POSPÍŠILOVÁ, David POTĚŠIL, Jan PŘIBYL, Roman HRSTKA, Eva BUDINSKÁ, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Rola katechol-O-metyltransferázy u estrogén-receptor pozitívnych nádorov prsníka. In Neformální proteomický webinář, 27.11.2020, in Book of Abstracts, p. 9. 2020. 2020.

BOUCHALOVÁ, Pavla, Jindřich BERÁNEK, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. Transgelin contributes to a poor response of metastatic renal cell carcinoma to sunitinib treatment. In In Book of Abstract of: 19th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Connect 2020, October 19-22, 2020, p. 45. 2020.

BOUCHAL, Pavel, Pavla BOUCHALOVÁ, Jindřich BERÁNEK, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Ján PODHOREC, Ondřej FIALA a Alexandr POPRACH. Transgelin negativně přispívá k léčebné odpovědi pacientů s metastatickým reálním karcinomem léčených tyrosinkinasovými inhibitory. In Book of Abstract of: Neformální proteomický webinář. 27.11.2020, str. 10. 2020.

DVOŘÁKOVÁ, Monika, Petr LAPČÍK, Pavla BOUCHALOVÁ a Pavel BOUCHAL. Transgelin Silencing Induces Different Processes in Different Breast Cancer Cell Lines. Proteomics. Hoboken: Wiley, 2020, roč. 20, č. 7, s. 1-8. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pmic.201900383.

BOUCHAL, Pavel, Petr LAPČÍK, Jakub FAKTOR a David POTĚŠIL. DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 35. 2019.

LAPČÍK, Petr, David POTĚŠIL a Pavel BOUCHAL. Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 36. 2019.

LAPČÍK, Petr, Petr ŠULC, Lenka ČÁPKOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, David POTĚŠIL, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. On the molecular role of desmocollin-­1 in lymph node metastasis of luminal A breast cancer. In 13th European Summer School on Advanced Proteomics. 28.7.-3.8.2019, Brixen, Italy, in Book of Abstracts, p. 30. 2019.

FAKTOR, Jakub, Lucia KNOPFOVÁ, Petr LAPČÍK, Lucia JANÁČOVÁ, Vendula PÁRALOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr MÜLLER, Petr BENEŠ a Pavel BOUCHAL. Proteomics Identification and Validation of Desmocollin-1 and Catechol-O-Methyltransferase as Proteins Associated with Breast Cancer Cell Migration and Metastasis. Proteomics. HOBOKEN, USA: Wiley, 2019, roč. 19, 21-22, s. 1-11. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pmic.201900073.

LAPČÍK, Petr, Petr ŠULC, Lenka ČÁPKOVÁ, Lucia JANÁČOVÁ, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. The mechanisms of pro-metastatic role of desmocollin-1 in luminal breast cancer. In XX. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 12.-13.11.2019, in Book of Abstracts, p. 38. 2019.