Master's thesis

Analysis of Eudiplozoon nipponicum (Monogenea) Genome

Analýza genomu Eudiplozoon nipponicum (Monogenea)

Bc. Marie Jankůjová, UČO 423826
Abstract

Eudiplozoon nipponicum je parazitický červ třídy Monogenea, podtřídy Polyopisthocotylea. Krev sající druhy této skupiny, převážně ektoparazité ryb, byly zkoumány především prostřednictvím morfologických a fylogenetických znaků. Tato diplomová práce se zabývá bioinformatickou analýzou a vyhodnocením sekvenačních dat získaných v rámci realizovaného projektu. Z těchto dat se podařilo složit mitochondriální …more

Abstract

Eudiplozoon nipponicum is a parasitic worm of class Monogenea, subclass Polyopisthocotylea. Blood-sucking species of this class, predominantly fish ectoparasites, have been studied mainly in the context of morphological and phylogenetical characteristics. This diploma thesis is focused on a bioinformatic analysis and evalution of sequencing data gained in the frame of running grant project. The mitochondrial …more

Thesis description
Eudiplozoon nipponicum je parazitický červ třídy Monogenea, podtřídy Polyopistocotylea. Krev sající druhy této skupiny, převážně ektoparazitů ryb, byli dosud zkoumáni hlavně prostřednictvím mikroskopických, ultrastrukturálních a histochemických analýz. Přestože v posledních letech došlo v parazitologii obecně k výraznému nárůstu objemu sekvenčních dat obsažených ve veřejných databázích, tak s ohledem na třídu Monogenea, jsou tyto zdroje prozatím stále velmi omezené. Navržená diplomová práce bude proto zaměřena na bioinformatickou analýzu a vyhodnocení sekvenačních dat (genomických, transkriptomických či proteomických), která byla v rámci řešených projektů pro zmíněný druh nedávno získána. Dílčí cíle této práce jsou: 1. Zpracovat dostupnou literaturu týkající se genomových projektů realizovaných na platyhelmintech. 2. S využitím dostupných softwarových nástrojů se pokusit anotovat genom Eudiplozoon nipponicum a porovnat získané informace se známými daty příbuzných organismů. 3. S využitím znalosti celého genomu Eudiplozoon nipponicum se pokusit definovat fylogenetické vztahy tohoto organismu v rámci kmene Platyhelminhes.
The thesis has been checked:
17/5/2018 07:47, RNDr. Martin Kašný, Ph.D., UČO 11259
Language used
English English
Defence date
8/6/2018
The thesis was defended successfully

Supervisor

RNDr. Martin Kašný, Ph.D., UČO 11259
ÚBZ Biol PřF MU

Reader

doc. Vladimír Hampl, Ph.D.
Katedra parazitologie PřF UK

Consultant

Mgr. Jan Oppelt, Ph.D.
LGen CMM CEITEC MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.