Bakalářská práce

Využití nanopórového sekvenování pro analýzu genomů helmintů

Use of nanopore sequencing for analysis of helminth genomes

Jana Sekerková
Anotace

V posledních několika letech se při studiu organismů (především na molekulárně-genetické úrovni) využívají sekvenační metody „druhé generace“. Ačkoliv tyto metody poskytují obrovské sumy dat, mají také jistá omezení, jako je např. délka sekvenovaných úseků a složitá příprava sekvenačních knihoven. Některé z těchto problémů mohou být vyřešeny aplikací sekvenačních metod „třetí generace“, poskytující …více

Abstract

In the last few years, the “second generation” of sequencing methods are used for studies of organisms, especially at molecular-genetic level. Although, these methods provide a robust data they also have some limits, e.g. the lenght of produced raw reads and time-consuming library preparation. Some of these problems could be solved by adoption of “third generation” sequencing methods, generating the …více

Klíčová slova
Helminti Eudiplozoon nipponicum DNA Sekvenování Nanopóry Helminths Sequencing Nanopores
Zadání práce
Sekvenování druhé generace se již několik let řadí ke standardním metodám vyšetření biologického materiálu pro účely molekulárně-genetické analýzy. Vzhledem k dosavadním limitům, např. krátké délky sekvenovaných fragmentů, náročná příprava sekvenační knihovny, problémy se čtením repetitivních oblastí a nutnosti aplikace složitých bioinformatických postupů za účelem rekonstrukce původní podoby genů, se pro genomické studie začínají stále častěji využívat metody tzv. sekvenování třetí generace. Použití těchto moderních technik nevyžaduje složitou předpřípravu RNA/DNA a k samotné sekvenaci dochází např. při průchodu jednoho vlákna DNA skrze pór speciálního proteinu (např. biologický pór – alfa-hemolysin). Obrovskou výhodou tohoto typu sekvenace je, že jsou produkovány velmi dlouhá čtení (až desítky tisíc bází), případně kompletní sekvence celých genů, díky čemuž se zjednodušuje následná bioinformatická rekonstrukce získané informace. Cíle navržené práce jsou (a) vypracovat literární rešerši shrnující poznatky o moderních sekvenačních metodách se zaměřením na principy nanopórovéno sekvenování a jeho využití pro sekvenování genomů parazitických červů (helmintů), (b) izolovat DNA experimentálního organismu Eudiplozoon nipponicum (Monogenea), připravit sekvenační knihovnu a provést vlastní sekvenování pomocí platformy MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK) a (c) bioinformatickými metodami vyhodnotit získaná sekvenační data.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
15. 5. 2018 15:57, Mgr. Jiří Vorel, Ph.D., učo 376321
Plný text práce
1,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
13. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jiří Vorel, Ph.D., učo 376321
ÚBZ Biol PřF MU

Oponent

Mgr. Roman Leontovyč
Přírodovědecká fakulta UK

Konzultanti

RNDr. Martin Kašný, Ph.D., učo 11259
ÚBZ Biol PřF MU
Mgr. Filip Pardy, učo 211318
Genomics CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.