Diplomová práce

Detekce pórů v molekulách proteinů

Pore detection in protein molecules

Bc. Matej Ružôň
Anotace

Cieľom tejto práce bolo štúdium algoritmu na detekciu pórov v molekulách proteínov - PoreWalker. V teoretickej časti popisuje štruktúru proteínov so zameraním na transmembránové proteíny. V praktickej časti popisuje vlastnú implementáciu a integráciu do aplikácie CAVER Analyst.

Abstract

The aim of this thesis was to study the algorithm for detection of pores in protein molecules - PoreWalker. The theoretical part describes the structure of proteins with a focus on transmembrane proteins. The practical part describes the actual implementation and integration into CAVER Analyst application.

Klíčová slova
proteín biologická membrána pór Java PoreWalker CAVER CAVER Analyst
Zadání práce
Cílem této práce je prostudovat podstatu aktuálně nejpoužívanějšího algoritmu pro detekci tzv. pórů (transmembránových kanálů) v proteinech, zvaného PoreWalker, a algoritmus následně implementovat a integrovat do aplikace CAVER Analyst, která je vyvíjena v Laboratoři HCI.
V praktické části práce student implementuje algoritmus PoreWalker v programovacím jazyce Java a následně jej zaintegruje do aplikace CAVER Analyst. Součástí integrace bude návrh a implementace vhodného uživatelského rozhraní a vizuální reprezentace detekovaného póru a statistických informací získaných při běhu algoritmu.
V textové části práce student popíše studovanou oblast, detailně vysvětlí princip fungování algoritmu PoreWalker a poté popíše vlastní implementaci. Pro potvrzení korektnosti nové implementace bude provedeno a popsáno porovnání výsledků nové implementace s původním řešením. Pro porovnání bude použita testovací sada proteinů čítající desítky struktur.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
12. 1. 2016 08:01, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
2,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
15. 2. 2016
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Adam Jurčík, Ph.D.
abs FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.