Aplikace CAVER Analyst umožňuje pracovat s molekulárními daty především prostřednictvím grafického uživatelského rozhraní. Kromě toho aplikace umožňuje uživatelům částečnou automatizaci jejich práce pomocí vlastního, primitivního skriptovacího jazyka. Tento jazyk však umožňuje pouze volání předdefinovaných příkazů (funkcí) aplikace. Cílem práce je proto integrovat do aplikace CAVER Analyst vývojové prostředí Python a vytvořit tak alternativní nástroj pro skriptování, který umožní ve skriptech používat běžné konstrukce programovacích jazyků, jako jsou proměnné, podmínky, cykly, funkce, atd. Výsledná implementace by měla umožňovat import běžně používaných knihoven pro výpočet a vykreslování vědeckých dat (např. NumPy, Matplotlib, SciPy, atd.). Dále bude nezbytné rozšířit dostupné příkazy, tak aby bylo možné z aplikace CAVER Analyst získat data o aktuálně načtených molekulách a ta dále použít pro vytváření složitějších skriptů. Vzniklý skriptovací nástroj tímto způsobem umožní automatizaci složitějších uživatelských úloh, což nyní není možné.
Při návrhu a implementaci nástroje bude kladen důraz především na tato hlediska:

• Použití nástroje bude pro uživatele snadné a intuitivní.
• Nástroj umožní přístup k běžně používaným funkcím aplikace a jejich snadnou rozšiřitelnost.
• Nástroj umožní využití základních algoritmických konstrukcí (např. rozhodování, opakování).
• Nástroj umožní provádění uživatelského kódu (např. uživatelská funkce).

V textové části student popíše zvolené řešení s jeho výhodami a nevýhodami. Z textu by mělo být zejména jasné, jakým způsobem si uživatel může importovat další Python knihovny a jak se dají následně použít pro vytvoření složitějších skriptů pro zobrazení molekulárních dat získaných z aplikace CAVER Analyst. Nezbytnou součástí práce bude také popis způsobu přidání další funkcionality umožňující v budoucnu skriptovací rozhraní obohatit o podporu dalších dat.