Diplomová práce

Vývoj algoritmu pro detekci kapes v proteinech

Algorithm for detection of pockets in protein structures

Bc. Andrej Kuročenko
Anotace

Analýza struktur molekul proteinů je v poslední době jedním z hlavních témat v biochemickém výzkumu. Vznikly nástroje pro detailní snímání těchto struktur a ukládaní jejich reprezentací do obsáhlých databází. Na základě těchto dat bylo vyvinuto mnoho nástrojů pro vizualizaci molekul proteinů a jejich struktur. Také vznikly nástroje pro analýzu a následnou vizualizaci různých útvarů a speciálních vazebních …více

Abstract

Structure analysis of proteins is lately one of main goals in biochemical research. Tools for detailed scanning and databases for storing of scanned data were invented. Based on this data lot of programs and algorithms were invented and developed for visualization of protein molecules, their structures and different shapes on their surfaces or inside them that can contain binding sites and thus are …více

Klíčová slova
Protein kapsa molekula aktivní místo Java CAVER CAVER Analyst.
Zadání práce
Úkolem studenta je prostudovat oblast analýzy proteinových struktur a existující přístupy. Zaměří se zejména na algoritmy pro detekci tzv. kapes (biochemicky významné prohlubně na povrchu proteinu, které hrají důležitou úlohu při chemických reakcích). V praktické části student navrhne a implementuje vlastní algoritmus pro detekci kapes, který využije konstrukci Voroného diagramu použitou rovněž v aplikaci CAVER sloužící k detekci tunelů v proteinech. Vytvořený algoritmus bude zaintegrován do zmíněné aplikace a bude rovněž vytvořen odpovídající vizuální výstup.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 1. 2015 06:59, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
9,8 MB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
11. 2. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KPSK FI MU

Oponent

RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203
CABO KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.