Disertační práce

Structure-dynamics-function relationships of haloalkane dehalogenases

Mgr. Martin Klvaňa
Anotace

Pomocí molekulového dokování, molekulově-dynamických simulací, vizualizace struktury a dynamiky proteinu, a ve světle dostupných experimentálních dat byly v halogenalkandehalogenáze DhaA z Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 navrženy mutace pro zvýšení katalytické účinnosti přeměny jedovaté a nepoddajné xenobiotické sloučeniny, 1,2,3-trichlorpropanu, a vztahy mezi strukturou, dynamikou a funkcí tohoto enzymu byly detailně prozkoumány.

Abstract

Using molecular docking calculations, molecular dynamics simulations and visualisation of protein structure and dynamics, and in the light of available experimental data, mutations were designed in haloalkane dehalogenase DhaA from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 for enhancing the catalytic performance with toxic and recalcitrant xenobiotic compound, 1,2,3-trichloropropane, and structure-dynamics-function relationships of this enzyme were investigated in detail.

Klíčová slova
Protein enzym/enzyme halogenalkandehalogenáza/haloalkane dehalogenase vnořené aktivní místo/buried active site tunel/tunnel uvolnění produktu/product release výměna vody/water exchange molekulově–dynamická simulace/molecular dynamics simulation návrh mutantů/design of mutants CAVER
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
7. 12. 2009 09:13, doc. RNDr. Miroslav Němec, CSc.
Plný text práce
15,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
8. 1. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Miroslav Němec, CSc.
ÚEB Biol PřF MU

Oponenti

prof. RNDr. Luděk Bláha, Ph.D., učo 15473
RECETOX PřF MU
Assoc. Prof. Jan Florian
Loyola University Chicago, USA
dr. Jiří Vondrášek
ÚOCHB AV ČR Praha
Autor posudku dosud neidentifikován.
Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biologie (čtyřleté)
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.