Centrální laboratoř Bioinformatika výzkumného centra CEITEC MU ve spolupráci s firmou Apps Dev Team s.r.o. vyvíjí v rámci projektu TJ0400014 software na integraci genomických a transcriptomických dat získaných sekvenováním nové generace (NGS) pro klinické účely. Tento software bude schopen analyzovat různé typy NGS vyšetření a integrovat jejich výsledek pro jednotné klinické vyhodnocení. Pro analýzu jednotlivých výstupů NGS dat je potřeba specializovaných bioinformatických výpočtů, které jsou náročné na operační paměť, čas procesoru i místo na disku. Součástí vyvíjeného softwaru tak bude i samostatná aplikace ovladatelná skrze API, která bude spouštění těchto bioinformatických pipeline řídit a kontrolovat, tak aby byly co nejefektivněji využity výpočetní zdroje. Cílem předkládané bakalářské práce bude navrhnout, vytvořit a popsat takovou aplikaci, přičemž hlavní důraz bude kladen na inteligentní plánování paralelního spouštění požadovaných výpočtů. Specifické cíle práce jsou následující: - Student nastuduje dostupné frameworky/knihovny pro plánování paralelního spouštění vhodné vzhledem ke specifickým požadavkům řešeného projektu - Hlavní částí práce bude vytvoření aplikace pro řazení, spouštění a kontrolu bioinformatických pipeline pro analýzu NGS dat vytvořených ve frameworku Snakemake. Součástí vytvořené aplikace bude: - API rozhraní pro správu a monitoring jednotlivých pipeline a výpočtů - Efektivní plánování jednotlivých pipeline vzhledem k dostupným prostředkům - Upload/download objemově velkých sekvenačních a analytických dat z/na datový server