Diplomová práce

Studium protein-RNA interakcí pomocí kryoelektronové mikroskopie

Study of protein-RNA interactions by cryo-electron microscopy

Bc. Nikola Nosková, učo 499808
Anotace

RNA silencing je skupina drah, jako jsou dráhy RNA interference (RNAi) a dráha microRNA (miRNA), které se podílejí na sekvenčně specifické regulaci genové exprese pomocí dvouvláknových RNA. Jeden z kritických kroků v těchto drahách je zprostředkován proteinem Dicer, který patří do skupiny RNáz III. Dicer štěpí prekurzory malé RNA na kratší dvouvláknové molekuly RNA. V této práci studuji interakce mezi …více

Abstract

RNA silencing is a group of pathways, such as the RNA interference (RNAi) and microRNA (miRNA) pathways, involved in the sequence-specific regulation of gene expression by double-stranded RNAs. One of the critical steps in these pathways is mediated by the protein Dicer, an RNase III enzyme that cleaves small RNA precursors into shorter double-stranded RNA molecules. In this thesis, I study the interactions …více

Klíčová slova
strukturní biologie kryoelektronová mikroskopie single-particle analysis protein-RNA komplex genová regulace miRNA Dicer PAZ doména structural biology cryo-electron microscopy protein-RNA complex gene regulation PAZ domain
Zadání práce
V posledních letech prošla kryo-elektronová mikroskopie (kryo-EM) výrazným technologickým pokrokem a stala se hlavní metodou pro strukturní stanovení biomolekul a jejich komplexů. Díky novému vývoji lze pomocí kryo-EM na jednotlivých částicích rutinně vytvářet 3D struktury s rozlišením srovnatelným s rozlišením získaným pomocí rentgenové krystalografie, aniž by bylo nutné biomolekuly krystalizovat a používat velké množství vzorku. V tomto projektu se student seznámí se základními principy purifikace komplexu protein-RNA, jeho nanesením na kryo-EM mřížku, bleskovým zmrazením a zachycením částic proteinu-RNA v tenké vrstvě amorfního ledu. Hlavním cílem projektu bude analýza kryo-EM dat komplexu protein-RNA a rekonstrukce 3D hustotní mapy. Nakonec budou do 3D mapy nafitovány sekvence komplexu protein-RNA a vytvořen 3D model komplexu protein-RNA. Výsledný komplex protein-RNA bude analyzován a jeho strukturní podstata může být dále podpořena biochemickými experimenty.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
17. 5. 2024 13:29, prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362
Plný text práce
2 MB / soubor PDF

Upozornění:

Část závěrečné práce byla v souladu s § 47b zákona o vysokých školách skryta z důvodu překážky pro její zveřejnění do 1. 4. 2027.

Odůvodnění: Zveřejnění částí této závěrečné práce týkající se kapitol Výsledky, Diskuze a Závěr je z důvodu možného patentového řízení odloženo na dobu 3 let.

Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
18. 6. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362
PRNA CSB CEITEC MU

Oponent

Dr. rer. nat. Hana Nedozrálová, učo 409261
BNMRS CSB CEITEC MU

Konzultant

Mgr. David Zapletal, Ph.D., učo 408483
PRNA CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomolekulární chemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.