Virus Epsteina-Barrové (EBV) je jedním z nejrozšířenějších lidských virů, kterým se během života infikuje více než 90 % světové populace. Kromě infekční mononukleózy je s EBV spojeno také 200 000 případů výskytů rakoviny ročně. EBV je spojován s různými premaligními lymfoproliferativními onemocněními včetně Hodgkinova lymfomu, karcinomu žaludku a nazofaryngeálního karcinomu.

Virový transkripční faktor Rta je nezbytný pro životní cyklus EBV, jelikož řídí lytickou reaktivaci EBV z latentní fáze. Rta protein se preferenčně váže na Rta Response Element (RRE) na DNA a tím transaktivuje řadu lytických genů. I přes jeho důležitost je Rta jedním z nejméně strukturně charakterizovaných virových transkripčních faktorů. Při srovnání aminokyselinové sekvence Rta s jinými známými DNA vazebnými motivy nebo dimerizačními motivy nebyly nalezeni žádní homologní partneři. Strukturně funkční charakterizace Rta proteinu by mohla přispět k lepšímu porozumění role Rta proteinu v přechodu z latentní fáze do lytické, a také vytvořit základ pro budoucí racionální návrh léků proti EBV.

Cíl 1: Připravit protein Rta v dostatečné kvalitě a množství pro následné biofyzikální studie.

Cíl 2: Kvantitativně a kvalitativně popsat interakce Rta s DNA.

V rámci experimentální práce bude prováděno:

• Klonování proteinu Rta a následná optimalizace exprese a purifikace.
• Charakterizace stability připraveného proteinu v různých podmínkách za použití metod CD, DLS a DSF.
• Určení afinity proteinu Rta k rozpoznávané dvouřetězcové DNA.