Bachelor's thesis

Prediction of Effect of Amino Acid Substitution on Protein Function

Predikce vlivu aminokyselinové substituce na funkci proteinu

Jakub Tischler, UČO 323491
Abstract

V současné době je v odborné literatuře popsána celá řada nástrojů umožňujících předpověď důsledku aminokyselinové substituce na funkci proteinu. V této práci jsou popsány hlavní důvody, proč jsou tyto nástroje užitečné, a nástroje využívající strojového učení jsou popsány blíže. V rámci práce byla navržena a na reálných datech vyzkoušena metoda indukce a testování prediktivních modelů z malých souborů …more

Abstract

A number of methods for prediction of effect of amino acid substitution on protein function have been recently developed and published in the scientific literature. This Thesis summarizes the motivation for the development of such methods and describes the models based on machine learning in greater detail. The practical part of the Thesis describes the induction and validation of predictive models …more

Keywords
AAS amino acid substitution SNP single nucleotide polymorphism machine learning naive Bayesian classifier aminokyselinová substituce jednoduchý nukleotidový polymorfizmus strojové učení naivní bayesovský klasifikátor
Thesis description
Cílem práce bude prozkoumat podmínky, za kterých je možné ze souboru aminokyselinových substitucí se známým vlivem na funkci proteinu indukovat model, kterým bude možné předpovídat ztrátu funkce dosud necharakterizovaných muteinů. Seznamte se s existujícími metodami pro předpověď důsledku aminokyselinové substituce na funkci proteinu. Vyviňte metodu pro indukci prediktivního modelu pro uživatelem zvolený protein, který již má část muteinů charakterizovánu. Vyhodnoťte spolehlivost predikce v závislosti na počtu trénovacích příkladů a srovnejte ji s výsledky existujících metod. Pro indukci a validaci modelů můžete využít připravenou připravenou datovou sadu, která obsahuje důsledky 5533 substitucí pro funkci 7 proteinů. Každá mutace je navíc popsána atributy se vztahem k její funkci.
Administrative information
The thesis has been checked:
24/5/2011 09:32, RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
Full text of thesis
1,1 MB / file PDF
Language used
Czech Czech
Defence date
10/6/2011
The thesis was defended successfully

Supervisor

RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
abs FI MU

Reader

The author of the thesis report has not been identified yet.

Consultant

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., UČO 1441
LosLab ÚEB Biol PřF MU

Literature

  • CHOVANCOVÁ, Eva; J. KOSINSKI; Janusz BUJNICKI and Jiří DAMBORSKÝ. Evolution of Haloalkane Dehalogenase Protein Family. 2007.
  • PAVELKA, Antonín; Eva CHOVANCOVÁ and Jiří DAMBORSKÝ. HotSpot Wizard: a web server for protein engineering. 2009.
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Biology
Field of Study

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.