Disertační práce

Nové možnosti analýzy sekvenčně- a strukturně specifické analýzy DNA a RNA a jejich chemické modifikace pomocí elektrochemických metod

New possibilities of sequence- and structure-specific analysis of DNA and RNA and their chemical modification using electrochemical methods

Ing. Ondrej Hesko
Anotace

Táto dizertačná práca zhrnuje poznatky elektrochémie nukleových kyselín a obsa-huje stručný obsah 1 publikovanej práce v impaktovanom časopise a dve zatiaľ ne-publikované rozpracované štúdie. 1) Práca prezentuje rýchlu detekčnú techniku krátkych oligoG RNA prítomných vo veľkom nadbytku mononukleotídu (cGMP), kto-rá modeluje podmienky v reakčných zmesiach neenzymatickej polymerizácie nukleo-tidov. …více

Abstract

This dissertation thesis summarizes the findings of nucleic acid electrochemistry and includes a summary of 1 published paper in an impacted journal and two un-published studies in progress. 1) This work presents a rapid detection technique for short oligoG RNAs present in large excess of mononucleotide (cGMP), which models conditions in reaction mixtures of non-enzymatic nucleotide polymerization …více

Zadání práce
Elektrochemické metody nacházejí výrazné uplatnění v analýze nukleových kyselin, jejich struktury a interakcí. Samy nukleové kyseliny jsou díky přítomnosti redukovatelných a/nebo oxidovatelných zbytků bází elektrochemicky aktivní a lze je studovat pomocí voltametrických, případně chronopotenciometrických metod na rtuťových, amalgamových a různých typech uhlíkových elektrod, přičemž rtuťové elektrody jsou obvykle díky jejich vlastnostem využívány pro studium redukčních, katalytických a adsorpčně-desorpčních dějů, zatímco uhlíkové elektrody pro studium oxidačních dějů. V nedávné době bylo ukázáno, že za určitých podmínek lze na grafitových elektrodách sledovat jak redukční, ta oxidační procesy, což poprvé umožnilo oba typy dějů sledovat na jednou povrchu elektrody, zkoumat chování produktů oxidace (či následných chemických reakcí) bází a daleko lépe rozlišit specifické signály jednotlivých složek DNA a RNA. V principu podobně je tomu i při zkoumání elektrochemických vlastností dalších (nepřirozených, modifikovaných, poškozených) složek DNA. V rámci tohoto tématu budou využity nové možnosti, které nabízejí elektrochemické metody, pro studiu oxidace a redukce přirozených bází a jejich derivátů v závislosti na nukleotidové sekvenci a sekundární struktuře syntetických oligonukleotidů, plazmidových a chromosomálních DNA, produktů enzymatické a neenzymatické polymerace, poškození DNA/RNA a jejich chemické modifikace elektrochemicky a elektrokatalyticky aktivními skupinami. Budou navrženy metody pro sledování výše uvedených procesů a pro detekci minoritních složek DNA a RNA pomocí elektrochemie. Literatura: [1] E. Paleček, M. Bartošík, Electrochemistry of Nucleic Acids, Chem Rev 112 (2012) 3427-3481. [2] Fojta M, Danhel A, Havran L, Vyskocil V (2016) Recent progress in electrochemical sensors and assays for DNA damage and repair. Trac-Trends in Analytical Chemistry 79:160-167 [3] Špaček, J.; Daňhel, A.; Hasoň, S.; Fojta, M.: Label-free detection of canonical DNA bases, uracil and 5-methylcytosine in DNA oligonucleotides using linear sweep voltammetry at a pyrolytic graphite electrode. Electrochemistry communications, 2017, 82, p. 34-38 Další literatura bude doporučena vedoucím při osobní konzultaci.
Práce zkontrolována:
20. 7. 2024 05:36, doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc., učo 31900
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
3. 9. 2024
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc., učo 31900
NCBR PřF MU

Oponenti

doc. Ing. Renáta Šelešovská, Ph.D.
ext PřF MU, FCHT UPa, Pardubice
doc. RNDr. Miroslav Gál, PhD
FCHPT STU Bratislava

Konzultanti

Mgr. Luděk Havran, Dr., učo 30208
ext ÚBioch Chem PřF MU
Mgr. Jan Špaček, Ph.D.
abs PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.