Závěrečná práce: Bc. Zuzana Trošanová, učo 356857: Modifikace nukleových kyselin pomocí redoxně značených nukleosidů a jejich voltametrická detekce
Diplomová práce
Modifikace nukleových kyselin pomocí redoxně značených nukleosidů a jejich voltametrická detekce
Modification of Nucleic Acids by Redox-labeled Nucleosidess and Their Voltammetric Detection
Anotace
Tato diplomová práce se zabývá studiem elektrochemického chování nové elektrochemické DNA redox značky 5'-(4-azidofenyl)deoxyadenosinu (dAPA) a DNA modifikovaných pomocí trifosfátů dAPA (dAPATP) a 5'-(4-azidofenyl)deoxycitidinu (dCPATP) na rozhraní mezifází rtuť-vodný elektrolyt. Pomocí cyklické voltametrie byl zkoumán vliv pH na redukci dAPA na visící rtuťové kapkové elektrodě (HMDE) v Britton – Robinsově …více
Abstract
This master thesis concerns with study of electrochemical behaviour of new DNA redox label 5'-(4-phenylazide)deoxyadenosine (dAPA) and DNA modified by triphosphates of dAPA (dAPATP) and 5'-(4-phenylazide)deoxycitidine (dCPATP) at mercury-aqueous electrolyte interface. An influence of electrolyte pH on dAPA reduction was observed by cyclic voltammetry at hanging mercury drop electrode (HMDE) in Britton …více
Klíčová slova
azidy click reakcie cyklická voltampérometria elektrochémia elektrochemické značky nukleové kyseliny PCR predlžovanie primeru prenosová technika terminálna transferáza 5'-(4-azidofenyl)deoxycitidín 5'-(4-azidofenyl)deoxyadenozín azides click reaction cyclic voltammetry electrochemistry electrochemical labells nucleic acids primer extension transfer technique terminal transferase 5'-(4-phenylazide)deoxycitidine 5'-(4-phenylazide)deoxyadenozineZadání práce
Vedle přímé detekce struktury, poškození či interakcí DNA se pro analýzu nukleotidových sekvencí DNA (metodou hybridizace), detekci mutací a nebo nukleotidových polymorfismů osvědčily nejrůznější DNA redox značky, které poskytují elektrochemické signály při jiných potenciálech než přírodní DNA. Ve spolupráci se skupinou Doc. M. Hocka z UOCHB AV ČR v Praze jsou navrhovány, syntetizovány a testovány nové druhy DNA značek, jak pro spektrometrické, tak i elektrochemické značení nukleových kyselin. Aby bylo možné tyto značky dále úspěšně použít v moderních biologických či biomedicínckých aplikacích, je nezbytně nutné prozkoumat a porozumět elektrochemickému chování samotných značek a jejich aduktů, jak s nukleosidy, tak s nukleovými kyselinami.
Tato diplomová práce navazuje na bakalářskou práci zabývající se základním studiem elektrochemického chování azidopehenylem značeného deoxycytidinu na vybraném mezifázi (rtuť/vodný elektrolyt) pomocí cyklické voltametrie [1]. V navazující diplomové práci se bude student zabývat využitím adsorpční rozpouštěcí voltametrie a voltametrie s přenosem pro detekci, jak již studované látky a dalších analogů, tak především enzymaticky modifikovaných DNA, které budou studentem připraveny metodou prodlužování primeru (tzv. Primer Extension Technique) s následnou separací pomocí centrifugačních kolonek nebo za použití magnetických kuliček. Spolu s elektrochemickou analýzou modifikovaných DNA, bude testována možnost jejich následné post-syntetické modifikace využitím "Click-reakcí" vhodně zvolenými modifikátory, přičemž získané produkty budou mimo jiné analyzovány pomocí gelové elektroforézy.
Dosažené výsledky této práce mohou v budoucnu sloužit jako základní informace pro vhodnou volbu elektrochemicky aktivní DNA značky s možností její následné modifikace. Získané informace mohou být pak použity při vývoji biochemických postupů analýzy nukleotidových sekvencí, detekci mutací, nukleotidových polymorfismů či studiu protein-DNA interakcí pro biologické či medicínské aplikace. Příslušná odborná literatura bude doporučena školitelem při osobní konzultaci.
[1] Z. Trošanová, Bakalářská práce, Masarykova Univerzita, Brno 2013.
15. 5. 2015 09:05, RNDr. Aleš Daňhel, Ph.D.
- Zadáno/změněno 25. 6. 2015 09:16, Irena Mitášová
- Záznam založen 15. 5. 2014 10:27, Irena Mitášová
- Zveřejnit od 14. 5. 2015 13:35, Irena Mitášová
- Práce převzata 14. 5. 2015 13:35, Irena Mitášová
Konzultant
Citace dle normy ČSN ISO 690
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Studium elektrochemického chování modifikovaného nukleosidu na vybraném mezifází
Mgr. Zuzana Otoupalíková, Ph.D., učo 356857 -
Vliv chemické modifikace DNA vybranými elektrochemicky aktivními skupinami na její interakce s nabitými povrchy elektrod
Mgr. Vojtěch Němec -
Separace PCR produktů kapalinovou chromatografií
Mgr. Marta Šiborová, Ph.D. -
Reakce komplexů osmia s biomakromolekulami a elektrochemie jejich produktů. Nové nástroje pro molekulární biologii.
Ing. Mojmír Trefulka, Ph.D. -
Nové možnosti analýzy sekvenčně- a strukturně specifické analýzy DNA a RNA a jejich chemické modifikace pomocí elektrochemických metod
Ing. Ondrej Hesko, Ph.D. -
Torsion Angle Dependence of 31 P NMR Parameters in a Nucleic Acid Backbone Studied by Density Functional Theory
Mgr. Jana Pavlíková Přecechtělová, Ph.D., učo 14825 -
Charakterizace nukleových kyselin v komplexním prostředí živých buněk pomocí in-cell NMR spektroskopie
Mgr. Michaela Dzurov Krafčíková, Ph.D., učo 393655 -
Charakterizace struktur DNA in vivo a in vitro
Mgr. Daniel Krafčík, Ph.D.




