Diplomová práce

Modifikace nukleových kyselin pomocí redoxně značených nukleosidů a jejich voltametrická detekce

Modification of Nucleic Acids by Redox-labeled Nucleosidess and Their Voltammetric Detection

Bc. Zuzana Trošanová, učo 356857
Anotace

Tato diplomová práce se zabývá studiem elektrochemického chování nové elektrochemické DNA redox značky 5'-(4-azidofenyl)deoxyadenosinu (dAPA) a DNA modifikovaných pomocí trifosfátů dAPA (dAPATP) a 5'-(4-azidofenyl)deoxycitidinu (dCPATP) na rozhraní mezifází rtuť-vodný elektrolyt. Pomocí cyklické voltametrie byl zkoumán vliv pH na redukci dAPA na visící rtuťové kapkové elektrodě (HMDE) v Britton – Robinsově …více

Abstract

This master thesis concerns with study of electrochemical behaviour of new DNA redox label 5'-(4-phenylazide)deoxyadenosine (dAPA) and DNA modified by triphosphates of dAPA (dAPATP) and 5'-(4-phenylazide)deoxycitidine (dCPATP) at mercury-aqueous electrolyte interface. An influence of electrolyte pH on dAPA reduction was observed by cyclic voltammetry at hanging mercury drop electrode (HMDE) in Britton …více

Zadání práce

Vedle přímé detekce struktury, poškození či interakcí DNA se pro analýzu nukleotidových sekvencí DNA (metodou hybridizace), detekci mutací a nebo nukleotidových polymorfismů osvědčily nejrůznější DNA redox značky, které poskytují elektrochemické signály při jiných potenciálech než přírodní DNA. Ve spolupráci se skupinou Doc. M. Hocka z UOCHB AV ČR v Praze jsou navrhovány, syntetizovány a testovány nové druhy DNA značek, jak pro spektrometrické, tak i elektrochemické značení nukleových kyselin. Aby bylo možné tyto značky dále úspěšně použít v moderních biologických či biomedicínckých aplikacích, je nezbytně nutné prozkoumat a porozumět elektrochemickému chování samotných značek a jejich aduktů, jak s nukleosidy, tak s nukleovými kyselinami.

Tato diplomová práce navazuje na bakalářskou práci zabývající se základním studiem elektrochemického chování azidopehenylem značeného deoxycytidinu na vybraném mezifázi (rtuť/vodný elektrolyt) pomocí cyklické voltametrie [1]. V navazující diplomové práci se bude student zabývat využitím adsorpční rozpouštěcí voltametrie a voltametrie s přenosem pro detekci, jak již studované látky a dalších analogů, tak především enzymaticky modifikovaných DNA, které budou studentem připraveny metodou prodlužování primeru (tzv. Primer Extension Technique) s následnou separací pomocí centrifugačních kolonek nebo za použití magnetických kuliček. Spolu s elektrochemickou analýzou modifikovaných DNA, bude testována možnost jejich následné post-syntetické modifikace využitím "Click-reakcí" vhodně zvolenými modifikátory, přičemž získané produkty budou mimo jiné analyzovány pomocí gelové elektroforézy.

Dosažené výsledky této práce mohou v budoucnu sloužit jako základní informace pro vhodnou volbu elektrochemicky aktivní DNA značky s možností její následné modifikace. Získané informace mohou být pak použity při vývoji biochemických postupů analýzy nukleotidových sekvencí, detekci mutací, nukleotidových polymorfismů či studiu protein-DNA interakcí pro biologické či medicínské aplikace. Příslušná odborná literatura bude doporučena školitelem při osobní konzultaci.


[1] Z. Trošanová, Bakalářská práce, Masarykova Univerzita, Brno 2013.
Práce zkontrolována:
15. 5. 2015 09:05, RNDr. Aleš Daňhel, Ph.D.
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
17. 6. 2015
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Aleš Daňhel, Ph.D.

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

Mgr. Luděk Havran, Dr., učo 30208
ext ÚBioch Chem PřF MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.