Diplomová práce

Srovnávací genomika poddruhů Staphylococcus petrasii

Comparative genomics of Staphylococcus petrasii subspecies

Bc. Vojtěch Kovařovic, učo 408266
Anotace

Celogenomové sekvenování a srovnávací analýza poddruhů Staphylococcus petrasii. V práci jsou identifikovány mobilní genetické elementy a navržena profágová typizace.

Abstract

Whole-genome sequencing and comparative analysis of Staphylococcus petrasii subspecies. The thesis describes mobile genetic elements and designs prophage typing.

Zadání práce
Mezi klinicky významné koaguláza-negativní stafylokoky patří nově popsaný druh Staphylococcus petrasii. Kmeny tohoto druhu se vyskytují v humánním klinickém materiálu a hrají roli podmíněného patogena. V současné době jsou u tohoto druhu popsány čtyři poddruhy S. petrasii subsp. petrasii, S. petrasii subsp. croceilyticus, S. petrasii subsp.jettensis a S. petrasii subsp. pragensis. Molekulárně biologické analýzy naznačují, že se nově popsaný druh S. petrasii vyznačuje vysokou genomovou variabilitou ve které hrají významnou roli variabilní/mobilní genetické elementy. Cílem diplomové práce bude srovnávací analýza celogenomových sekvencí získaných prostřednictvím polovodičového sekvenování (Ion Torrent). Genomové sekvence budou anotovány, identifikovány mobilní elementy, geny pro faktory virulence a rezistence a objasněny mechanismy evoluce tohoto patogena, který se pravděpodobně v nedávné době diferencioval do několika poddruhů.
Práce zkontrolována:
11. 5. 2017 09:31, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
7. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
Pracoviště výzkumu genomu Biol PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Literatura

  • ŠVEC, Pavel; Annelies DE BEL; Ivo SEDLÁČEK; Petr PETRÁŠ; Tereza GELBÍČOVÁ; Jitka ČERNOHLÁVKOVÁ; Ivana MAŠLAŇOVÁ; Ivana VARBANOVOVÁ; Margo CNOCKAERT; Fedoua ECHAHIDI; Peter VANDAMME a Roman PANTŮČEK. Staphylococcus petrasii subsp. pragensis subsp. nov., occurring in human clinical material. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. London, UK: Society for General Microbiology, 2015, roč. 65, July, s. 2071-2077. ISSN 1466-5026. Dostupné z: https://doi.org/10.1099/ijs.0.000220.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.