Závěrečná práce: Bc. Vojtěch Kovařovic, učo 408266: Srovnávací genomika poddruhů Staphylococcus petrasii
Diplomová práce
Srovnávací genomika poddruhů Staphylococcus petrasii
Comparative genomics of Staphylococcus petrasii subspecies
Bc. Vojtěch Kovařovic, učo 408266
Anotace
Celogenomové sekvenování a srovnávací analýza poddruhů Staphylococcus petrasii. V práci jsou identifikovány mobilní genetické elementy a navržena profágová typizace.
Abstract
Whole-genome sequencing and comparative analysis of Staphylococcus petrasii subspecies. The thesis describes mobile genetic elements and designs prophage typing.
Klíčová slova
celogenomové sekvenování koaguláza-negativní mobilní genové elementy profágy stafylokoková chromozomová kazeta srovnávací genomika stafylokok Staphylococcus petrasii whole-genome sequencing coagulase-negative mobile genetic elements prophages staphylococcal chromosome cassette comparative genomics staphylococcusZadání práce
Mezi klinicky významné koaguláza-negativní stafylokoky patří nově popsaný druh Staphylococcus petrasii. Kmeny tohoto druhu se vyskytují v humánním klinickém materiálu a hrají roli podmíněného patogena.
V současné době jsou u tohoto druhu popsány čtyři poddruhy S. petrasii subsp. petrasii, S. petrasii subsp. croceilyticus, S. petrasii subsp.jettensis a S. petrasii subsp. pragensis. Molekulárně biologické analýzy naznačují, že se nově popsaný druh S. petrasii vyznačuje vysokou genomovou variabilitou ve které hrají významnou roli variabilní/mobilní genetické elementy.
Cílem diplomové práce bude srovnávací analýza celogenomových sekvencí získaných prostřednictvím polovodičového sekvenování (Ion Torrent). Genomové sekvence budou anotovány, identifikovány mobilní elementy, geny pro faktory virulence a rezistence a objasněny mechanismy evoluce tohoto patogena, který se pravděpodobně v nedávné době diferencioval do několika poddruhů.
Práce zkontrolována:
11. 5. 2017 09:31, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
11. 5. 2017 09:31, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
Jazyk práce
Termín obhajoby
7. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena
Vedoucí
Literatura
- ŠVEC, Pavel; Annelies DE BEL; Ivo SEDLÁČEK; Petr PETRÁŠ; Tereza GELBÍČOVÁ; Jitka ČERNOHLÁVKOVÁ; Ivana MAŠLAŇOVÁ; Ivana VARBANOVOVÁ; Margo CNOCKAERT; Fedoua ECHAHIDI; Peter VANDAMME a Roman PANTŮČEK. Staphylococcus petrasii subsp. pragensis subsp. nov., occurring in human clinical material. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. London, UK: Society for General Microbiology, 2015, roč. 65, July, s. 2071-2077. ISSN 1466-5026. Dostupné z: https://doi.org/10.1099/ijs.0.000220.
Studijní program
Experimentální biologie
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Srovnávací genomika klinicky významných druhů rodu Staphylococcus
Mgr. Vojtěch Kovařovic, Ph.D., učo 408266 -
Delece profágů a nežádoucích genů z genomu bakterie Pseudomonas aeruginosa využívaného pro produkci lytických fágů.
Mgr. Dominika Kubinová, učo 484014 -
Možnosti celogenomového sekvenování při studiu genomů rodu Trifolium
Mgr. Lenka Švihlová, učo 269506 -
Analýza bakteriální DNA přenášené transdukujícími bakteriofágy u S. aureus
Mgr. Václav Holub, učo 175506 -
Náměty k výuce jednobuněčných organismů v 6. ročnících základních škol s využitím 3D tisku
Mgr. Lenka Sobková -
Evoluce genetického elementu SCCmec u rodu Staphylococcus
Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D., učo 380418 -
Analýza mechanismů zodpovědných za necitlivost kmenů S. aureus z veterinárního prostředí k polyvalentním fágům
Mgr. Alžběta Kalová, Ph.D. -
Antistafylokoková antibiotika a jejich charakterizace
Mgr. Marta Elsheimer Matulová, Ph.D., učo 175510
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Složky
Soubory
10. 5. 2017
10. 5. 2017
18. 5. 2017
Relichová, J.
25. 5. 2017




