Postup a zásady pro vypracování:
Cílem bakalářské práce bude literární rešerše zaměřená na nové trendy ve vývoji metod, nástrojů a modelů pro hodnocení toxicity chemických látek, zejména na možnosti aplikace in vitro modelů využívajících kmenových buněk.

1) Práce s vědeckou literaturou, její vyhledávání a zpracování Studentka se naučí pracovat s vědeckou literaturou, vyhledávat publikace v internetových databázích. Literatura předaná vedoucím slouží pouze jako východisko a úvod do řešené problematiky - student musí rozšířit tento základ o nové vědecké poznatky. Získanou literaturu prostuduje a získané informace si smysluplně roztřídí.
Termín: konec roku 2012, poté průběžně

2) Teoretická část bakalářské práce
Studentka zpracuje poznatky z literatury do přehledné, srozumitelné, ale zároveň přesné literární rešerše obsahující zejména následující body:
- přehled tradičních metod a přístupů používaných v toxikologii
- přehled alternativních metod pro hodnocení toxicity (in vitro, in silico), včetně odborných institucí a aktivit zabývajících se vývojem a validací alternativních metod
- možnosti využití kmenových buněk pro hodnocení toxicity (vč. charakteristiky kmenových buněk, jejich typů, zdrojů) a to v kontextu nových technologií a metod používaných v biologickém, farmakologickém a medicínském výzkumu (aplikace omických metod, high-throughput screening, matematického modelování, výpočetní a systémové biologie)
- diskuzi předností a limitací jednotlivých metod a technologií
Termíny: návrh obsahu – 15.12.2012, hrubá verze I – 30.1.2013, hrubá verze II – 28.2.2013, finální verze I – 30.3.2013, poslední kontrola před odevzdáním – 20.4.2013

3) Zvládnutí základů práce s tkáňovými kulturami
Studentka se naučí základům sterilní práce s tkáňovými kulturami, postupům pasážování buněk, jejich kvantifikace, hodnocení viability. Studentka se seznámí s metodami hodnocení některých biomarkerů kmenových buněk a provede praktické experimenty zaměřené na sledování těchto markerů v kulturách savčích pluripotentních buněk. Termín: 30.4.2013
Termíny: experimentální činnost – do 30.4.2013, zpracování a interpretace výsledků do bakalářské práce – 10.5.2013

Doporučená literatura:
Odborné články vyhledané pomocí databází Web of Science, Scopus, Science Direct či přímo přes Google, se zaměřením na kmenové buňky, jejich použití ve farmakologii a toxikologii, články a materiály týkající se aktuálního vývoje v toxikologii (dokument „Toxicity testing in the 21st century: A vision and a strategy“ a navazující diskuze v odborných toxikologických časopisech), právní předpisy upravující testování účinků toxických látek (86/609/EEC, 76/768/EEC, Reg. (EC) No. 1907/2006), články týkající se aplikace moderních metod v biologii a zejména in vitro biologii.

Při vyhledávání lze doporučit následující klíčová slova a jejich kombinace: stem cells, pluripotent cells, 3Rs principle, alternative toxicity testing, Toxicity testing in the 21st century, HTS (high-troughput screening), HCA/HCS (high content analysis/high content screening), toxicogenomics / toxicoproteomics / toxicometabolomics, physiologically-based pharmacokinetic modeling (PBPK), ECVAM, structure-activity relationship