Diplomová práce

Implementácia metód pre meta-analýzu dát z microarray experimentov.

Implementation of methods for meta-analysis of data from microarray experiments

Bc. Ivana Ihnatová, učo 184415
Anotace

Meta-analýza microarray experimentov je v súčasnej dobe jednou z najaktuálnejších tém výskumu v analýze microarray dát. V súčasnosti chýba analytický nástroj, ktorý by poskytoval možnosť analýzy viacerými metódami, poskytujúc zároveň výstup, ktorý by umožnil výsledky vzájomne porovnať. Cieľom práce bolo vytvoriť práve taký balík v prostredí R. Balík MAMA obsahuje implementácie desiatich meta-analytických …více

Abstract

Meta-analysis is recently very actual question in microarray analysis. Unfortunately, there is lack of analytical tools with implementation of several methods of meta-analysis and ability to visualize and combine results from different methods. The aim of this work was to create a new R-package with such properties. Package MAMA offers implementation of ten different methods and other functionalities …více

Klíčová slova
meta-analýza microarray R-balík implementácia vizualizácia MSI kolorektálny karcinóm génová expresia imunitná odpoveď meta-analysis R-package implementation visualization colon cancer gene expression immune response
Zadání práce
Meta-analýza microarray experimentov je v súčasnej dobe jednou z najaktuálnejších tém súčasného výskumu v analýze microarray dát. Vývin metód meta-analýzy je v posledných niekoľkých málo rokoch v popredí záujmu, ich implementácia je bohužiaľ často nedostupná, alebo ťažko dohľadateľná. V súčasnosti chýba analytický nástroj ktorý by mal implementované a poskytoval možnosť analýzy viacerými metódami, poskytujúc zároveň zjednotený výstup, ktorý by umožnil výsledky vzájomne porovnať. Cieľom tejto diplomovej práce je zostaviť najnovší prehľad súčasných metód a vybrať a implementovať niekoľko najvhodnejších do balíku v prostredí pre štatistické výpočty R, spolu s vytvorením grafickej prezentácie umožňujúcej porovnať jednotlivé výstupy. Súčasťou výstupu bude aj aplikácia vytvoreného balíku na analýzu modelového dátového súboru vybraného z verejne prístupných databáz.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
10. 6. 2010 12:44, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
19,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
16. 6. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.