Bakalářská práce

Clusterovací algoritmy pro sledování vod v proteinech

Clustering algorithms for water tracking in proteins

Mgr. Bc. Branislav Jenčo
Anotace

Práca sa zaoberá klastrovaním bodov na povrchu proteínu, v ktorých vodné molekuly vstupujú do alebo vystupujú z proteínovej štruktúry. Analýza týchto vstupov v priebehu simulácií molekulárnej dynamiky pomáha biochemikom získať informácie o dôležitých tuneloch v proteínovej štruktúre. Cieľom bolo poskytnúť prehľad o niekoľkých klastrovacích algoritmoch, ich porovnanie na syntetických aj reálnych dátach …více

Abstract

The topic of this thesis is clustering of points on the surface of a protein where water molecules enter or exit the protein structure. Analysis of these inlets during molecular dynamics simulations helps biochemists obtain information about important tunnels in the protein structure. The goal was to give an overview of several clustering algorithms, compare them in use on synthetic and real data, …více

Klíčová slova
trajectory water molecule visualization active site clustering CAVER Analyst trajektória molekula vody vizualizácia aktívne miesto klastering
Zadání práce
Cílem této bakalářské práce je seznámit se s problematikou sledování trajektorií molekul vod procházejících strukturou proteinu v čase. Jednou z ústředních částí je problém clusterování jednotlivých trajektorií dle jejich podobnosti, čímž je následně možné určit hlavní směry toků vod a pochopit tak jejich chování. Student se zaměří na existující přístupy ke clusterování bodů v prostoru a na základě získaných znalostí vybere sadu algoritmů, které se jeví jako nejvhodnější pro clusterování prostorových bodů, které představují vstupní a výstupní body trajektorií molekul vod interagujících s povrchem proteinu. Výstupem práce bude implementace vybraných algoritmů a jejich porovnání s ohledem na zmíněnou vstupní množinu. Implementace bude realizována v prostředí nástroje CAVER Analyst za použití programovacího jazyka JAVA.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
30. 5. 2017 12:51, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
4,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
26. 6. 2017
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Katarína Furmanová, Ph.D., učo 374538
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.