Diplomová práce
Získaná ocenění: Cena děkana FI za vynikající závěrečnou práci

Vizualizace pro porovnávání sekvencí proteinů

Comparative visualization of protein sequences

Bc. Pavol Ulbrich, učo 410146
Anotace

Pre lepšie porozumenie zloženia a priestorového zoskupenia proteínových sekvencií, tým pod vedením L. Kocincovej navrhol inovatívnu metódu komparatívnej vizuálizácie, ktorá kombinuje tradične používané 1D a 3D zobrazenia. Jej hlavný prínos je v schopnosti pozorovať priestorové rozdiely medzi proteínovými reťazcami bez problémov s prekrývaním, často badateľných v 3D pohľadoch. Avšak praktická implementácia …více

Abstract

To better understand the constitution and spatial arrangement of protein sequences, L. Kocincová et al. proposed a novel method of comparative visualization, which combines traditionally used 1D and 3D representations. Its main contribution is the ability to observe the spatial differences between the proteins without any occlusion problems, commonly present in 3D view. However, the practical implementation …více

Klíčová slova
molecular visualization molecular analysis protein alignment structure sequence comparison Protein Data Bank d3.js
Zadání práce
Cílem této diplomové práce je vytvořit webový nástroj pro vizuální porovnávání sekvencí proteinů, který rozšíří tradičně využívané přístupy o informaci o prostorovém uspořádání sekundárních struktur v těchto sekvencích. Práce navazuje na vědeckou publikaci s názvem Comparative Visualization of Protein Secondary Structures (detaily viz literatura) a na prototyp aplikace, který byl součástí této publikace. Student vylepší stávající řešení následujícím způsobem. Aplikace bude obsahovat moderní metody pro porovnávání sekvencí proteinů v PDB formátu, čímž nahradí stávájící nevyhovující heuristický algoritmus. Dále student na základě aktuálních požadavků na aplikaci navrhne úpravy a realizuje změny uživatelského rozhraní aplikace. Pro implementaci bude využita knihovna D3.js. V textové části práce student analyzuje a popíše nedostatky stávajícího řešení a návrh a implementaci vlastního řešení.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2018 12:19, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
Plný text práce
7,7 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
20. 6. 2018
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU

Oponent

RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
KVI FI MU

Literatura

  • KOCINCOVÁ, Lucia; Miroslava JAREŠOVÁ; Jan BYŠKA; Julius PARULEK; Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Comparative Visualization of Protein Secondary Structures. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2017, roč. 18, č. 23, s. 1-12. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12859-016-1449-z.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.