Bakalářská práce

Knihovna derivátů sacharidů určená pro virtuální screening

Library of Saccharide Derivatives Targeted to Virtual Screening

Markéta Vacková, učo 324180
Anotace

Virtuální screening je oblast molekulového modelování založená na testování velkého množství molekul na základě jejich fyzikálně-chemických vlastností. Účelem je nalézt vhodnou sadu sloučenin s nejlepšími předpoklady pro stabilní interakci ve vazebném místě proteinu se známou 3D strukturou. Ve virtuálním screningu na lektiny mohou být také používány látky na bázi sacharidů. Lektiny jsou proteiny, které …více

Abstract

Virtual screening is a part of molecular modeling methods based on testing a set of molecules on their physical and chemical properties. The purpose is to find an appropriate set of compounds with the best presumption for a stable interaction with the binding site of a protein which has known 3D structure. Virtual screening can be used to study interactions of carbohydrate - based compounds with lectins …více

Klíčová slova
glukosa substituce databáze virtuální screening glucose substitution database virtual screening
Zadání práce
Virtuální screening je metoda výpočetní chemie, která dokáže rychle vyhodnotit vazebnou afinitu rozsáhlé skupiny chemických struktur vůči biomolekulárnímu systému a určit tak sloučeninu s vhodnými farmakologickými vlastnostmi. Cílem studenta bude vytvořit knihovnu zvolených derivátů vybraných sacharidů ve formátu vhodném pro virtuální screening. Student navrhne a prakticky implementuje postup vytvoření derivátů ve vhodné 1D/2D strukturní notaci. 1D/2D struktury převede do 3D nástrojem dle vlastní rešerše. U vytvořených struktur dopočítá vlastnosti, tak aby bylo možné struktury použít pro virtuální screening pomocí programů Autodock Vina a UCSF Dock.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 5. 2011 11:14, RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
Plný text práce
2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
17. 6. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D., učo 9703
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.
ext PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.