Závěrečná práce: Andrej Hraško, učo 324950: Nástroj pro editaci kinetických funkcí
Bakalářská práce
Nástroj pro editaci kinetických funkcí
Tool for maintanance of kinetic expressions
Anotace
Táto práca predstavuje spôsob reprezentácie biologických dát pomocou formátu SBML a práci s nimi. Ďalej sa zameriava na javovskú knižnicu JSBML, slúžiacu na manipuláciu s SBML v aplikáciách a formát MathML pre záznam matematických výrazov. Dôraz je kladený na reprezentáciu a záznam matematických funkcií pomo-cou týchto nástrojov. V praktickej časti je navrhnutý a implementovaný jednoduchý editor týchto …více
Abstract
This thesis introduces the ways of representation and work with biological data using the SBML format. It further focuses on the java library JSBML used for manipulation with the SBML in aplications and MathML format for representation of mathematical expressions. Emphasis is placed on reprezentation and recording of the mathematical equations with these tools. In the practical part a simple editing …více
Zadání práce
Cílem práce je navrhnout a implementovat nástroj pro pohodlnou editaci matematických funkcí popisujících kinetiku biochemických reakcí. Práce je součástí projektu www.e-photosynthesis.org a příspívá do dlouhodobého procesu vývoje aplikace pro presentaci a manipulaci se specifickými biologickými modely dle standardu SBML.
Nástroj bude splňovat následující specifikaci:
- editor obecné knihovny funkcí plně kompatibilních s formátem SBML kineticLaw
- textový zápis matematických vzorců
- vizualizace dle standardů pro rendering MathML výrazů
- kompatibilita s formáty SBML (level 2) a MathML
- vazba na databázi e-photosynthesis.org (import/export dat)
- případně umožnit práci s fyzikálními jednotkami (podpora ověření konzistence)
Práce bude vypracována v jazyce Java, součástí bude dokumentace jednotlivých tříd s ohledem na budoucí integraci do rozsáhlejšího nástroje.
24. 5. 2012 16:17, doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
slovenština
Vedoucí
Literatura
- ŠAFRÁNEK, David; Jan ČERVENÝ; Matej KLEMENT; Jana POSPÍŠILOVÁ; Luboš BRIM; Dušan LAZÁR a Ladislav NEDBAL. E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes. BioSystems. Elsevier, 2011, roč. 103, č. 2, s. 115-124. ISSN 0303-2647. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2010.10.013.
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Transformace dynamických systémů do interakčních sítí
Mgr. Kateřina Kratochvílová -
Generování textu z MathML
Mgr. Maroš Kucbel, učo 324736 -
Konfigurace síťových testů
Mgr. Tomáš Kuba, učo 207778 -
Vizualizace tvorby a optimalizace rozvrhu
Bc. Lukáš Petrovický, učo 173098 -
Nástroj pre opravovanie úloh z Javy
Mgr. Ľuboš Kohút, učo 172607 -
Konfigurační nástroj pro RUM2
Mgr. Jaroslav Jankovič, učo 325245 -
Framework pro deskové hry
Peter Rozkoš -
Klient pro webové služby nad Topic Maps
Mgr. Jiří Krkoška
Složky
Soubory
-
Přidání souboru
Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat. -
Další operace se soubory
Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku. -
Pohled pro experty
Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností. -
Vyhledávání souborů
Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku. -
Rychlý přístup k souborům
Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.