Práce se zabývá tématem modelů dynamických systémů v biologii. Mnoho modelů existuje ve formě matematické reprezentace (systémy nelineárních diferenciálních rovnic).

Cílem práce je v teoretické části nastudovat a shrnout existující metody pro převod a unifikaci kinetických modelů biochemických dynamických systémů do formátu interakčních sítí (reakčních a regulačních sítí). Klíčové bude zaměřit se na omezení kinetiky, která jsou nutná k bezproblémovému převodu do sémanticky anotovaných interakčních sítí bez ztráty informace.

V praktické části je cílem realizovat převod vybraných modelů s využitím nalezených metod, v případě potřeby implementovat skripty automatizující transformaci. V závěru práce bude navržen způsob začlenění do webového portálu www.e-cyanobacterium.org a vazba na modelovací jazyk SBML (Systems Biology Markup Language).