Bakalářská práce

Program pro automatické generování vizualizací matematických modelů

Automatic visualization of mathematical models

Oliver Kišš, učo 325446
Anotace

Cieľom práce bolo vytvoriť program na vizualizáciu biologických modelov uložených vo formáte SBML. Vytvorený program je napísaný v Jave. Výstupom programu je vizualizácia vo vektorovom formáte SVG, ktorá je vytvorená na základe anotácií modelu. V záverečných kapitolách práce sú zhodnotené vlastnosti programu a sú porovnané s už existujúcimi vizualizačnými nástrojmi.

Abstract

The aim of this thesis was to create a program for visualization of biological models stored in SBML format. Created program uses Java programming language. Output of the program is a visualization in SVG vector format which is created using model annotations. In the ending chapters of the thesis, features of created program are analyzed and compared to existing visualisation tools.

Klíčová slova
sbml vizualizácia biologické modely miriam kreslenie grafov
Zadání práce
Student nastuduje formát uložení modelu v jazyce SBML a popis buněčných komponentů v Gene Ontology (GO). Společně s vedoucím práce definuje algoritmus pro vizualizaci modelů, případně vizualizaci výsledků simulací, který pak samostatně implementuje jako program v jazyce JAVA. Tento algoritmus bude založen na existenci vizuálních reprezentací jednotlivých složek buňky zapsaných v jazyce SVG, popisu hierarchického uspořádání buněčných komponentů v GO a anotace modelu určující mapování mezi součástí modelu a příslušným komponentem. Vstupem takové implementace bude model zapsán ve formátu SBML, ontologie a soubor použitelných grafických elementů, výsledkem bude statická vizualizace.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
5. 1. 2012 15:09, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
521,5 KB / soubor PDF
Jazyk práce
slovenština slovenština
Termín obhajoby
30. 1. 2012
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Oliver Kišš FI B-AP BcAP, učo 325446 o6ei5/7
Kišš, O.
3. 1. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Kišš, O.
3. 1. 2012
Anotace česky annotation.txt
Kišš, O.
3. 1. 2012
Klíčová slova keywords.txt
Kišš, O.
3. 1. 2012
Plný text práce text.pdf
Kišš, O.
3. 1. 2012
Posudek oponenta posudek.pdf
Šafránek, D.
23. 1. 2012
priloha.zip
Kišš, O.
3. 1. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.