Diplomová práce

Design and implementation of a new architecture for the Atomic Charge Calculator II

Bc. Martin Pilát
Anotace

Parciálne atómové náboje sú reálne čísla, ktoré aproximujú elektrónovú hustotu v molekule. Využívajú sa v rôznych oblastiach, napríklad vo fyzikálnej, organickej a výpočetnej chémii a chemoinformatike. Tieto náboje sú teoretickým konceptom. Preto sa nedajú pozorovať ani merať a musia sa odhadovať pomocou kvantovo-mechanických alebo empirických výpočetných metód. Atomic Charge Calculator II (ACC II …více

Abstract

Partial atomic charges are real numbers that approximate the electron density across a molecule. They have applications in various fields, such as physical, organic and computational chemistry, and chemoinformatics. These charges are a theoretical concept. Therefore, they cannot be observed or measured and must be estimated using quantum mechanical or empirical calculation methods. Atomic Charge …více

Klíčová slova
ACC II partial atomic charges structural bioninformatics SB-NCBR API web application
Zadání práce
Parciální atomové náboje jsou reálná čísla popisující rozložení elektronové hustoty v molekule. Nacházejí mnohá uplatnění ve výpočetní chemii, chemoinformatice nebo bioinformatice. Protože se jedná pouze o teoretický koncept, nelze jejich hodnoty určit experimentálně, ale musí být vypočítány.

Atomic Charge Calculator II (ACC II) implementuje v podobě webové aplikace více než 20 metod pro výpočty nábojů. Architektura ACC II je však zastaralá a neoptimální, úzce svazuje backend a frontend, a neumožňuje aplikaci snadno rozšiřovat a nové funkce.

Cíle diplomové práce tedy jsou:
  • Nastudovat funkce ACC II a způsob jejího použití.
  • Navrhnout a implementovat nový model architektury ACC II (API, cachování výsledků, logování).
  • Přidat možnost autentizace uživatelů pro přístup k dřívějším výpočtům.
  • Aplikaci kontejnerizovat.
  • Nasadit novou produkční verzi do cloudového prostředí MetaCentra.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2025 08:49, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,8 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
16. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
NCBR PřF MU

Oponent

prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.
ext ÚBioch Chem PřF MU

Literatura

  • RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Dominik TOUŠEK; Vladimír HORSKÝ; Karel BERKA; Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W591"-"W596", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa367.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Návrh a vývoj softwarových systémů

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.