Předmětem disertace bude studium vybraných fyzkálně-chemických aspektů nukleových kyselin nejmodernějšími metodami kvantové chemie doplněné klasickými počítačovými simulacemi. Nukleové kyseliny patří k nejdůležitějším biomakromolekulám, a proto studium struktury a dynamiky nukleových kyselin patří k významným úkolům současné vědy. Vedle experimentálních technik se při studiu DNA a RNA stálé více uplatňují teoretické přístupy. V několika uplynulých letech došlo k nevídanému kvalitativnímu zlepšení jak ab initio kvantové chemie, tak i dalších počítačových metod. Máme k dispozici moderní techniky od ab initio kvantové chemie až po nanosekundové molekulové simulace DNA a RNA ve vodě. K dispozici máme špičkové počítačové vybavení doma i v zahraničí.


Téma je stále aktuální a v nejbližších dnech, jak budu mít více času, provedu jeho aktualizaci.


Profil současného výzkumu lze zjistit i ze seznamu publikací
http://www.ibp.cz/cs/oddeleni/struktura-a-dynamika-nukleovych-kyselin/publikace-uplny-seznam/
The aim will be characterization of specific physical-chemistry aspects of nucleic acids using modern quantum-chemical approaches complemented by advanced classical molecular simulations. Nucleic acids (NA) belong to the most important biomacromolecules and studies of nucleic acid structure and dynamics is one of the main tasks of the current science. Theoretical approaches frequently used in NA studies represent a respected counterpart of experimental techniques. Significant development of ab initio quantum chemistry and other computational methods was observed during last few years. In our laboratory we utilize a wide range of computational methods ranging from modern ab initio quantum chemistry calculations to nanosecond molecular dynamics simulations in explicit solvent. State of the art computational facilities are available not only in our laboratory but also abroad. This Ph.D. project requires significant initial investment and is designed for students considering a research carrier.