Diplomová práce

Vliv vnitrobuněčného prostředí na rovnováhu duplex-tetraplex v guanin- (G-) a cytosin- (C-) bohaté DNA

Impact of the intracellular environment on the duplex-tetraplex equilibria in guanine- and cytosine-rich DNA

Bc. Vladimíra Zlínská, učo 474419
Anotace

Diplomová práce se zabývá vývojem nových DNA 19F-sond s využitím click chemické reakce jako klíčové párovací reakce. V teoretické části je shrnuta tvorba a biologický význam G-kvadruplexů a i-motivů. Představeny jsou strategie značení 19F a nejběžnější 19F sondy používané v NMR spektroskopii nukleových kyselin. Dále jsou popsány základní principy in-cell NMR spektroskopie a click chemické reakce. V …více

Abstract

This diploma thesis deals with the development of novel DNA 19F-probes applying the click-chemistry reaction as a key coupling reaction. In the theoretical part, the formation and biological relevance of G-quadruplexes and i-motifs are reviewed. The 19F-labelling strategies and the most common 19F-probes applied in NMR spectroscopy of nucleic acids are presented. Furthermore, basic principles of in …více

Klíčová slova
nukleové kyseliny 19F NMR spektroskopie in-cell NMR spektroskopie DNA-ligand interakce G4 nucleic acids 19F NMR spectroscopy in-cell NMR spectroscopy DNA-ligand interactions
Zadání práce
Cílem diplomové práce je charakterizace vlivu vnitrobuněčného prostředí na rovnováhu duplex-tetraplex v guanin- (G-) a cytosin- (C-) bohaté DNA za využití vysoce rozlišené 1H/19F (in-cell) NMR spektroskopie. Souběžně s hlavní náplní práce se bude student/studentka podílet na vývoji 19F NMR reportérů umožňujících v reálném čase kvantitativně popsat konformační rovnováhy v DNA v komplexním prostředí živých buněk. V rámci teoretické části diplomové práce student-studentka vypracuje rešerši na dvě oddělená témata: a) rovnováhy duplex-tetraplex v guanin- (G-) a cytosin- (C-) bohaté DNA, b) možnosti použití in vitro a in-cell 1H/19F NMR spektroskopie pro charakterizaci strukturních přechodů v DNA. Doporučená literatura: 1) T.V.Chalikian et al. Duplex-tetraplex equilibria in guanine- and cytosine-rich DNA. Biophys. Chem., 267, pp. 106473, 2020 2) Dzatko et al. Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells. Angew Chem Int Ed Engl. 2018 Feb 19;57(8):2165-2169. 3) Dzatko et al. In-cell NMR spectroscopy of nucleic acids. New Developments in NMR Volume 2020-January, Issue 21, 2020, Pages 272-297 4) Bao et al. Characterization of human telomere RNA G-quadruplex structures in vitro and in living cells using 19F NMR spectroscopy. Nucleic Acids Res. 2017 45(9):5501-5511.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 5. 2022 10:31, doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
Plný text práce
4,3 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
NekGen CSB CEITEC MU

Oponent

doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc., učo 564
NMR CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Genomika a Proteomika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.