Diplomová práce

Elucidating DNA conformational diversity using 19F NMR spectroscopy.

Trong Khai Nguyen, učo 551840
Anotace

Nekanonické nukleové kyseliny představují nadějné cíle ve strukturní biologii a nanotechnologii zabývající se DNA. Vývoj robustních metod pro měření jejich konformační rovnováhy a interakcí s ligandy podobnými léčivům je zásadní pro zkoumání funkčních paradigmat těchto struktur. Tato studie usnadní vývoj malomolekulárních léčiv cílených na bioaktivní formy nukleových kyselin související s nemocemi …více

Abstract

Non-canonical nucleic acids represent promising targets in structural biology and DNA-inspired nanotechnology. Developing robust methods to monitor their conformational equilibria and interactions with drug like ligands is essential for exploring the functional paradigm of such structures. This facilitates small molecule drug discovery against bioactive nucleic acid targets in diseases and cellular …více

Klíčová slova
1H NMR spektroskopie 1H NMR spectroscopy 19F NMR spektroskopie 19F NMR spectroscopy FANA vnitrobuněčná NMR spektroskopie in-cell NMR spectroscopy cirkulární dichroismus circular dichroism G-kvaduplex G-quadruplex vlásenková smyčka hairpin loop G-kvaduplex-duplex hybrid G-quadruplex-duplex hybrid ligand
Zadání práce
The student will investigate DNA conformational polymorphism, folding, and interactions with small drug-like molecules utilizing 19F NMR spectroscopy. Through the utilization of fluorine-labeled DNA oligonucleotides that adopt diverse folding topologies, the student will analyze the impact of different environmental factors on DNA folding and the binding of ligands to DNA in controlled in-vitro settings. This data will then be compared with the behavior of DNA within living cells. The project's objective is to discern any similarities or discrepancies in biomolecular recognition between in-vitro experiments and the cellular environment, while also evaluating and setting standards for available cellular mimics.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2025 19:12, Anirban Ghosh, Ph. D, učo 246285
Plný text práce
7,2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
12. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Anirban Ghosh, Ph. D, učo 246285
NekGen CSB CEITEC MU

Oponent

doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc., učo 564
NMR CSB CEITEC MU

Konzultant

doc. Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D., učo 8725
NekGen CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Molecular and Cell Biology

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.