Střevní mikrobiom hraje klíčovou roli u řady onemocnění, jako je např. Crohnova choroba, diabetes II. typu a obezita a podle nejnovějších studií může dlouhodobá dysbióza střevní mikroflóry ovlivňovat i vznik a další vývoj kolorektálního karcinomu, jeho agresivitu nebo úspěšnost léčby.
Cílem této práce je korelace střevního mikrobiomu z nádorových stěrů (16S rRNA sekvenování) a ze vzorků stolice (Whole metagenome sekvenování) s dostupnými hodnotami cirkulujících imunitních markerů (analýzou na průtokovém cytometru).
Studentka bude mít k dispozici data pacientů léčených na Masarykově onkologickém ústavu.

Student/ka v této práci:

1. Nastuduje dosud známe poznatky o vlivu mikrobiomu na vývoj kolorektálního karcinomu.
2. Nastuduje metody zpracování 16S rRNA dat a Whole metagenome sequencing.
3. Asociuje mikrobiální složení pacientů z MOU na všech dostupných taxonomických úrovních s imunitními markery periferní krve.
4. Interpretuje získané výsledky s ohledem na dostupné publikované výsledky.

Doporučená literatura

• Fědorová L, Pilátová K, Selingerová I, Bencsiková B, Budinská E, Zwinsová B, Brychtová V, Langrová M, Šefr R, Valík D, Zdražilová Dubská L. Circulating Myeloid-Derived Suppressor Cell Subsets in Patients with Colorectal Cancer - Exploratory Analysis of Their Biomarker Potential. Klin Onkol. 2018 Winter;31(Suppl 2):88-92. English. PMID: 31023030.
• Zwinsová B, Brychtová V, Hrivňáková M, Zdražilová-Dubská L, Bencsiková B, Šefr R, Nenutil R, Vídeňská P, Budinská E. Role of the Microbiome in the Formation and Development of Colorectal Cancer. Klin Onkol. 2019 Summer;32(4):261-269. English. doi: 10.14735/amko2019261. PMID: 31426641.