Analýza proteomických a genomických profilov vzoriek zastáva v súčasnosti vedúcu pozíciu takmer vo všetkých odboroch biologického i medicínskeho výskumu. Jednoduchý pohľad na genóm alebo proteóm jedinca však nie je dostatočný pre pochopenie zložitých mechanizmov biologických procesov vnútri bunky a tým aj skúmané príčiny rozdielov alebo ochorení. Biologicky zmysluplná interpretácia týchto dát je v dnešnej dobe najdôležitejšou výzvou v súčasnom biologickom i medicínskom výskume a vyžaduje prepojenie získaných dát a znalostí z genomických či proteomických experimentov so znalosťami funkcií jednotlivých génov a ich funkčných produktov – proteínov v biologických dráhach.

V súčasnosti chýbajú štandardizované procedúry ktoré umožňujú takéto prepájanie informácií. Prehľadná štúdia porovnávajúca výhody jednotlivých databáz z pohľadu analytika zatiaľ neexistuje.

Cieľom tejto bakalárskej práce je naštudovať metódy prepojenia výsledkov genomických a proteomických experimentov s informáciami o funkcii génových produktov v online databázach pre tvorbu biologických dráh. Z pohľadu analytika potom vytvoriť prehľad databáz a SW riešení prepojenia informácií databáze-experiment spolu s popisom ich využitia pre rozličné typy analýz. Záverom práce bude aplikácia získaných znalostí na vybranom dátovom súbore expresných dát pacientov nádorom kolorekta z verejne prístupných datasetov.
Literatúra:

• Werner T (2008) Bioinformatics applications for pathway analysis of microarray data. Current Opinion in Biotechnology 2008, 19:50–54
• Lassig M. (2007) From biophysics to evolutionary genetics: statistical aspects of gene regulation. BMC Bioinformatics, 8(Suppl 6):S7