Bakalářská práce

Analýza ChIp-čipů - současné metody a jejich porovnání na modelovém příkladu u nádorů.

ChIp-chip analysis - state-of-the art methods and their comparison on a model example in cancer.

Andrea Janotová, učo 269452
Anotace

ChIP-čipy se staly v posledních letech velmi populární technikou molekulární biologie. Jedná se o metodu, která spojuje chromatinovou imunoprecipitaci s následnou analýzou DNA mikročipů. Spojení těchto dvou metod slouží k izolování a identifikaci míst na genomu, která jsou obsazená specifickými proteiny. Data získaná z ChIP-čip experimentů je možné získat napříč celým genomem, jako signál, jehož vrcholy …více

Abstract

ChIP-chips become a very popular technique of molecular biology in recent years. It is a method that combines chromatin immunoprecipitation followed by DNA microarray analysis. The combination of these two methods is used to isolate and identify the locations of the genome that are occupied by specific proteins. The data obtained from the ChIP-chip experiments can represent the whole genome, in form …více

Klíčová slova
chromatinová imunoprecipitace mikročipy ChIP-čipy vazebné místo metody pro identifikaci vazebných míst chromatin immunoprecipitation microarrays ChIP-chips binding site methods for identification of binding sites
Zadání práce
Rakovinové bujenie je z 98% spôsobené nestabilitou v genóme. Zmenená funkcia proteínov priamo súvisí s neoplastickou transformáciou bunky v malígny nádor. Poškodenie regulačných mechanizmov transkripcie, pri ktorých nie je priamo mutovaná DNA genu, ale nastávajú zmeny v regulácii jeho expresii zmenenou interakciou regulačných proteínov a DNA patrí do skupiny epigenetických zmien. Tieto sa dajú študovať pomocou technológie „ChIP – čip“. Štatistická analýza dát pochádzajúcich z týchto experimentov je najdôležitejšou súčasťou celého výskumu. Pretože sa jedná o pomerne novú techniku, neexistujú zatiľ žiadne štandardy analýzy týchto dát a sú vytvárané stále nové štatistické metódy.

Úlohou tejto bakalárskej práce je vytvorenie čo najširšieho prehľadu dostupných metód pre analýzu ChIP-čip experimentov, následne ich porovnanie na modelovom príklade u nádorov. Ďalším výstupom by mal byť výber optimálnej metodiky analýzy týchto dát.

Literatura:

  • http://en.wikipedia.org/wiki/ChIP-on-chip
  • Šmarda, Jan - Doškař, Jiří - Pantůček, Roman - Růžičková, Vladislava - Koptíková, Jana. Metody molekulární biologie. První vydání. Brno : Masarykova univerzita, 2005. 194 s. 1. vydání. 325 Kč. ISBN 80-210-3841-1.
  • Rosypal, Stanislav. Úvod do molekulární biologie. Čtvrté inovované vydání. Brno : Prof. RNDr. Stanislav Rosypal, DrSc., Brno, 2006. 290 s. Díl I.-III. Molekulární biologie prokaryotické buňky. ISBN 80-902562-5-2.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
25. 5. 2010 09:39, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
2,1 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
15. 6. 2010
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biologie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.